Spilotro und sein Bruder Michael verschwanden am 14. Juni 1986, nachdem sie zusammen von Michaels Oak Park nach Hause gefahren waren. Michaels Frau Anne berichtete, dass beide Brüder im Juni vermisst wurden 16. Michaels Auto, ein 1986er Lincoln, wurde einige Tage später auf einem Motelparkplatz in der Nähe des internationalen Flughafens O „Hare geborgen. Am 22. Juni wurden ihre Leichen übereinander gefunden und bis auf die Unterhose ausgezogen, begraben in einem Getreidefeld im Willow Slough-Reservat in der Nähe von Enos, Indiana. Die frisch gedrehte Erde war von einem Landwirt bemerkt worden, der glaubte, die Überreste eines außerhalb der Saison getöteten Hirsches seien dort von einem Wilderer begraben worden, und hatte die Behörden benachrichtigt. Eine am 24. Juni durchgeführte Autopsie identifizierte ihre Todesursache als stumpfes Gewalttrauma und stellte fest, dass sie seit dem 14. Juni tot waren. Sie wurden anhand von Zahnkarten identifiziert, die von ihrem Zahnarztbruder Patrick Spilotro geliefert wurden. Die beiden wurden am 27. Juni auf einem Familiengrundstück auf dem Queen of Heaven Cemetery in Hillside, Illinois, beigesetzt.
Im Januar 1986, nach der Inhaftierung von Joseph Aiuppa und John Cerone, weil sie das Las Vegas Casino überflogen hatten Gewinne fand ein Treffen in der Czech Lodge in North Riverside, Illinois, statt. Die meisten „Oberklasse“ waren dort, einschließlich Outfit-Chef Tony „Joe Batters“ Accardo. Accardo hatte beschlossen, Samuel Carlisi zum „Street Boss“ zu ernennen, der für die Outfit-Operationen verantwortlich war, um Aiuppa zu ersetzen. Carlisi teilte der Gruppe mit, dass Accardo als Consigliere bleiben und das letzte Wort haben würde, sowie dass Gus Alex der Leiter der Verbindungsleute bleiben würde. Dann ging er zum ersten Problem über: Spilotro und wie sich die Dinge seit seiner Übernahme von Vegas entwickelt hatten. Der Gangster und Mob-Vollstrecker Rocco Infelice sagte: „Schlagen Sie ihn.“ Alle anderen waren sich einig. Spilotro wurde in Las Vegas durch Donald „The Wizard of Odds“ Angelini ersetzt.
Obwohl die ursprünglichen Berichte besagten, dass die Spilotros im Maisfeld von Enos, Indiana, geschlagen und begraben wurden, sagte der Gangster Nicholas Calabrese bei der „Operation“ aus Family Secrets „im Jahr 2007, dass die Brüder zuerst in einem Keller in Bensenville, Illinois, getötet wurden, wo die Spilotros glaubten, Michael würde in The Outfit aufgenommen, dann wurden ihre Körper zum Maisfeld transportiert. Laut Aussage des Gerichts fragte Tony, als er den Keller betrat und realisierte, was passieren würde, ob er „ein Gebet sprechen“ könne.
Bis zum 25. April 2005, als 14 Mitglieder von Das Chicago Outfit (einschließlich des bekannten Chefs James Marcello) wurde wegen 18 Morden angeklagt, darunter die Spilotros. Zu den mutmaßlichen Mördern gehörte der Capo Albert Tocco aus Chicago Heights, Illinois, der 1990 zu 200 Jahren Gefängnis verurteilt wurde, nachdem seine Frau dagegen ausgesagt hatte Sie sagte aus, dass sie 1986 ihren Ehemann von einem Maisfeld in Indiana vertrieben habe, wo er ihr erzählte, er habe gerade Spilotro begraben.
Am 18. Mai 2007 war der Starzeuge im Fall der Regierung dagegen 14 Chicagoer Mob-Figuren, Nicholas Calabrese, bekannte sich schuldig, an einer Verschwörung teilgenommen zu haben, die 18 Morde beinhaltete, einschließlich der Treffer gegen Anthony und Michael Spilotro. Unter schwerer Sicherheit gab Calabrese zu, an der Planung oder Durchführung von 14 Morden beteiligt gewesen zu sein, einschließlich der Spilotro-Morde. Er wurde der Hauptzeuge gegen seinen Bruder Frank Calabrese Sr. und andere wichtige Mob-Persönlichkeiten, die im Family Secrets-Prozess der Regierung angeklagt waren. Calabrese erklärte sich bereit, auszusagen, nachdem ihm das FBI DNA-Beweise gezeigt hatte, die ihn mit dem Mord an anderen Treffern in Verbindung brachten. Mann John Fecarotta, der angeblich auch an den Spilotro-Morden beteiligt war.
Im September 2007 Frank Calabrese Sr. und vier weitere Männer – Marcello, Joseph Lombardo, Paul „The Indian“ Schiro und das ehemalige Chicago Der Polizist Anthony „Twan“ Doyle wurde wegen Verbrechen im Zusammenhang mit Mobs verurteilt. Am 27. September 2007 wurde Marcello von einer Bundesjury bei den Morden an beiden Spilotro-Brüdern für schuldig befunden. Am 5. Februar 2009 wurde Marcello zu lebenslanger Haft verurteilt Für die Spilotro-Morde befand der US-Bezirksrichter James Zagel, der der Präsentation von Bundesanwalt Markus Funk zustimmte, Marcello ebenfalls für den Mord an D „Andrea verantwortlich, obwohl die Jury in dieser Hinsicht festgefahren war. Am 26. März 2009 wurde Nicholas Calabrese zu 12 Jahren und vier Monaten Haft verurteilt.
In einem Interview mit dem Maxim-Magazin aus dem Jahr 2010 wurde Tony Spilotro für die Eröffnung der Las Vegas Mob Experience im Tropicana Hotel geworben „s Sohn Vincent behauptete, das eigentliche Ziel sei sein Onkel Michael, und Tony wurde getötet, um Rache zu verhindern.