panování
Když Henry zemřel, Isabella byla v Segovii, kde byla zajištěna její žádost. Podporovala ji významná skupina kastilských šlechticů, včetně kardinála Pedra Gonzáleze de Mendozy, strážce Kastilie (Velasco) a admirála (Enríquez), který byl příbuzný Ferdinandově matce. Nepřátelská frakce, která předložila protinávrhy Joan, zahrnovala arcibiskupa z Toleda; bývalý podporovatel, velitel Calatravy (vlivný vojenský řád); a mocní mladí marqués de Villena. Podporoval je Afonso V z Portugalska, který spěchal napadnout Kastilii a tam se zasnoubil s Joan. První čtyři roky Isabelliny vlády tak byly obsazeny občanskou válkou, která skončila porážkou jejích kastilských oponentů a portugalského krále (24. února 1479). Po smrti Jana II. Aragonského ve stejném roce se království Kastilie a Aragona spojila v osobách jejich vládců.
Španělsko se ukázalo jako sjednocená země, ale bylo to dlouho předtím, než by tato personální unie vedla k účinnému politickému sjednocení. Ferdinand ve své první vůli (1475) skutečně učinil z Isabelly svou dědičku v Aragonu a otevřeně prohlásil výhody, které jeho poddaní získají ze spojení s Kastilií. Ale každé království bylo nadále řízeno podle svých vlastních institucí. Oba panovníci byli jistě jednotní v úsilí o ukončení dlouhého procesu Reconquisty převzetím království Granada – poslední muslimské pevnosti ve Španělsku. Nakonec se však dobytí (které začalo v roce 1482) ukázalo jako obtížné a vyčerpané a napjalo finance Kastilie. Ačkoli některé rysy kampaně byly středověké (například pořadí bitvy), jiné byly nové. Isabella se o vedení války velmi zajímala a zdá se, že byla zodpovědná za zdokonalené způsoby zásobování a za zřízení vojenské nemocnice. V roce 1491 založila s Ferdinandem přední sídlo v Santa Fe, blízko svého konečného cíle, a tam zůstali, dokud 2. ledna 1492 nepadla Granada.
Zatímco byla v Santa Fe, další událost, s níž královna se měla stát osobně spojenou, byla při tvorbě, protože ji tam Kolumbus navštívil, aby získala podporu pro cestu, která měla vyústit v evropské osídlení Ameriky. Přestože nelze přijmout příběh její nabídky, že se zaváže, že její klenoty pomohou financovat expedici, a Columbus si od ní zajistil jen omezenou finanční podporu, Isabella a její členové rady musí získat uznání za rozhodnutí o schválení významné cesty. Podmínky, za kterých se měla expedice vydat na objevení nové cesty do Indie, byly vypracovány 17. dubna 1492. Nový svět, který byl prozkoumán v důsledku tohoto rozhodnutí, byl s papežským potvrzením připojen k koruně Kastilie, v souladu se stávající praxí, pokud jde o takové předchozí objevy v Atlantiku, jako jsou Kanárské ostrovy.
Královna a její poradci stěží potřebovali, aby jim Kolumbus připomněl příležitost, kterou nyní nabízí šíření křesťanství. Přesto neočekávané objevy rychle přinesly Isabelle nové problémy, v neposlední řadě to byl vztah mezi nově objevenými „indiány“ a kastilskou korunou. Královna a její radní byli připravenější uznat práva indiánů než Kolumbus ; nařídila, aby byli propuštěni někteří z těch, které přivedl zpět jako otroky. Královna byla těmito problémy stále znepokojena, když zemřela v roce 1504.
Mezitím byla v Andalusii zřízena inkvizice v roce 1480. Není pochyb o tom, že to představovalo vyvrcholení dlouhého a populárního hnutí proti nekřesťanům a pochybným konvertitům, které se často projevovalo v pozdním středověku v Kastilii. Logickým výsledkem bylo vyloučení Židů v roce 1492, kteří konverzi odmítli. založení inkvizice.Přestože se vyloučení v té době mohlo zdát záslužné, aby se dosáhlo větší náboženské a politické jednoty, soudě podle samotných ekonomických důsledků, ztráta tohoto cenného prvku ve španělské společnosti byla vážnou chybou.
Je těžké oddělit osobní odpovědnost Isabelly za úspěchy její vlády od úspěchů Ferdinanda. Nepochybně však hrála velkou roli při založení soudu jako centra vlivu. Se svými modrými očima, svými světlými nebo kaštanovými vlasy a klenoty a nádhernými šaty musela vytvořit nápadnou postavu. Současně se zobrazení shodovalo s náboženským cítením. Její výběr duchovních poradců přinesl do popředí tak odlišné a pozoruhodné muže jako Hernando de Talavera a kardinál Cisneros. Politika reformy španělských církví začala brzy v 15. století, ale hnutí nabralo na obrátkách pouze za Isabelly a Talavery. Když se v roce 1492 stal Talavera granadským arcibiskupem, zaujal jeho místo po boku královny Cisneros, pro kterého si panovníci v roce 1495 zajistili klíčové postavení toledského arcibiskupa. Panovníci se zajímali o reformu sekulárního duchovenstva a ještě více o řád mnichů, mnichů a jeptišek; Isabella se zvláště zajímala o reformu klarisek, řádu františkánských jeptišek. I když, když zemřela, bylo ještě mnoho práce, vládci a Cisneros společně šli daleko k dosažení svých cílů.
Ačkoli Isabella byla ve své víře intenzivně zbožná a ortodoxní a byl jí udělen Ferdinand titul „Katoličtí králové“ od papeže Alexandra VI., mohla být při jednání s papežstvím panovačná i vytrvalá. To platilo zvláště tehdy, když si myslela, že papež špatně jmenuje španělské benefice nebo jakýmkoli způsobem zasahuje do obvyklých práv korunu nad španělskými církvemi. Například pro neobsazený stolec Cuenca v roce 1478 odmítla italského kardinála jmenovaného papežem, který o čtyři roky později přijal jejího alternativního španělského kandidáta. Následně úspěšně odmítla návrh, aby papežův synovec stal se sevillským arcibiskupem. Ve snaze kontrolovat jmenování kastilských stolců nebyla Isabella jednoduše inspirována národními náladami. Hledala také kandidáty vysokých postav ARDS; soudě podle jejího výběru mužů, jako jsou Talavera a Cisneros, byla Isabella pozoruhodně efektivní při dosahování svého cíle.
Isabella se téměř stejně zajímala o vzdělání jako o náboženství. Poté, co dosáhla věku 30 let, získala znalost latiny. U soudu povzbudila takové významné učence jako Pietro Martire d’Anghiera, kterého ustanovila jako vedoucí nové palácové školy pro syny šlechty. Přirozeně jí bylo věnováno mnoho vynikajících literárních děl její vlády, například Gramatica Castellana od Antonia de Nebrije (1492; „Castilian Grammar“). Byla také patronkou španělských a vlámských umělců a byla součástí její rozsáhlé sbírky. obrázků přežije.
Poslední desetiletí její vlády se odehrálo na pozadí rodinných zármutků způsobených smrtí jejího jediného syna a dědice Juana (1497); její dcery Isabelly, portugalské královny při porodu (1498); a jejího vnouče Miguela (1500), které mohlo vést k personální unii mezi Španělskem a Portugalskem. Místo toho se její dcera Joan, manželka Filipa I. a matka císaře Svaté říše římské Karla V., stala to však poskytovalo královně jen malou útěchu, protože v roce 1501 již Joan vykazovala známky duševní nerovnováhy, která jí později vynesla titul „šílený“.
Jeden z úspěchů Isabellova posledního desetiletí byl nepochybně úspěch, s nímž ona a Ferdinand, jednající z její iniciativy, rozšířili svoji moc nad vojenskými řády Alcántara, Calatrava a Santiago, čímž získali korunní kontrolu nad jejich obrovským majetkem a patronátem. Tyto řády byly šlechtou využívány příliš dlouho a byly předmětem intenzivního soupeření mezi těmi, kteří se snažili být zvoleni pánem jednoho nebo druhého z nich. V roce 1487 se Ferdinand stal velmistrem Calatravy a do roku 1499 získal velmistrovství Alcántary a Santiaga. Se zajmutím Granady byla provedena hlavní práce řádů a proces, který předpokládal jejich konečné vstřebání do zemí koruny, byl logický a rozumný. Během své dlouhé vlády se Isabella také snažila posílit královskou autoritu na úkor Cortes (španělský parlament) a měst.