William Shea se zasloužil o návrat baseballu National League do New Yorku po pěti letech absence.
Po sezóně 1957 se Brooklyn Dodgers a New York Giants přestěhovali z New Z Yorku do Kalifornie se stanou Los Angeles Dodgers a San Francisco Giants. Největší město Spojených států tak nebude mít povolení od National League a bude mít pouze jeden hlavní ligový tým, New York Yankees z American League (AL). S hrozbou vstupu newyorského týmu do nové třetí ligy se národní liga rozšířila o New York Mets na návrh Williama Shea. V symbolickém odkazu na dřívější newyorské týmy National League vzal nový tým jako své primární barvy modrou barvu Dodgers a oranžovou Giants, obě barvy jsou také na vlajce New York City. Přezdívka „Mets“ byla přijata: byla to přirozená zkratka názvu společnosti klubu „The New York Metropolitan Baseball Club, Inc.“, poslouchala zpět „Metropolitans“ (newyorský tým Americké asociace od 1880 až 1887) a jeho stručnost byla pro novinové titulky výhodná.
Shea Stadium byl domovem Mets pole od roku 1964 do roku 2008.
První dva roky své existence hrál tým domácí zápasy na historickém hřišti Polo Grounds v Horním Manhattanu. V roce 1964 se přestěhovali do nově postaveného stadionu Shea ve Flushingu v Queensu, kde Mets hráli až do sezóny 2008. V roce 2009 se klub přestěhoval do Citi Field, sousedícího s bývalým areálem Shea Stadium.
Během své historie Mets vyhráli dva tituly World Series (1969 a 1986), pět vlajek National League (1969, 1973, 1986, 2000, 2015) a šest titulů National League East (1969, 1973, 1986, 1988) , 2006, 2015). Mets také kvalifikoval pro playoffs jako národní liga tým divokých karet v letech 1999, 2000 a 2016. Mets se objevily v pěti World Series, více než kterýkoli jiný expanzní tým v historii MLB. Jejich dva šampionáty se dělí o nejvíce titulů mezi expanzivními týmy, což se rovná součtu týmů Toronto Blue Jays, Miami Marlins a Kansas City Royals.
Mets držel newyorský baseballový rekord v sezóně s jednou sezónou. po dobu 29 let. Zlomili rekord Yankeeů z roku 1948 tím, že v roce 1970 přilákali téměř 2,7 milionu diváků. Mets překonal svůj vlastní rekord pětkrát, než jej Yankeeové znovu získali v roce 1999.
Tom Seaver vedl Mets k vítězství ve Světové sérii z roku 1969.
Mets 1962 zveřejnil 40–120 rekord, rekord s největšími ztrátami v sezóně od roku 1899. V roce 1966 Mets skvěle obešli budoucí síň slávy Reggie Jackson v amatérském draftu, místo toho si vybrali Stevea Chilcotta, který nikdy nehrál ve velkých společnostech. Následující rok však získal v loterii budoucí síň slávy Tom Seaver. Seaver pomohl „Miracle Mets“ z roku 1969 vyhrát nový titul divize National League East, poté porazil Atlanta Braves, aby získal vlajku National League, a silně favorizovaného Baltimora Oriolese vyhrát svět 1969 Série.
V roce 1973 se Mets shromáždili z 5. místa, aby vyhráli divizi, a to i přes rekord pouze 82–79. Šokovali silně favorizoval „velký červený stroj“ Cincinnati Reds v NLCS a posunul obhájce titulu World Series Oakland Athletics do sedmé hry, ale sérii prohrál. Je pozoruhodné, že rok 1973 byl jediným titulem NL East v letech 1970 až 1980, který nevyhrál ani Philadelphia Phillies, ani Pittsburgh Pirates.
S hvězdným nadhazovačem Tomem Seaverem se obchodovalo v roce 1977, v den, který se připomíná jako „ půlnoční masakr „a Mets se na několik let dostal na poslední místo. Franšíza se otočila v polovině 80. let. Během této doby Mets také vypracoval sluggera Darryla Strawberryho (číslo 1 v roce 1980) a vítěze Cy Young Award 1985 Dwighta Goodena (# 5 v roce 1982). Kromě toho Mets získal v roce 1983 bývalého MVP National League a vytrvalého vítěze zlaté rukavice Keitha Hernandeze.
V roce 1985 získali z Montrealu chytače síně slávy Garyho Cartera Vystavoval a vyhrál 98 zápasů, ale těsně minul play-off. V roce 1986 vyhráli divizi se záznamem 108–54, jedním z nejlepších v historii národní ligy. Vyhráli dramatický NLCS v šesti zápasech nad Houstonem Astros. Šestá hra série šla šestnáct směn, nejdelší playoff hra v historii až do roku 2005. Přišli v jedné stávce ze ztráty World Series proti Boston Red Sox, než řada zásahů a defenzivních defektů nakonec vedla k chybě bostonského Billa Bucknera, který dal Mets vítězství 6. Poté vyhráli hru 7 a získali svůj druhý titul ve světové sérii.
Mike Piazza hrál za Mets v roce 2004 .
Mets pokračovali ve hře dobře i po roce 1986 a divizi vyhráli v roce 1988, ale ten rok prohrál v NLCS a poklesl do 90. let. Byli mimo spor až do sezóny 1997, kdy byli ve hře divokou kartou až do posledního týdne sezóny. V roce 1998 získali Mets chytač Mike Piazza v trháku a vynechali playoffs pouze jednou hrou. V roce 1999 postoupili do play-off po play-off jedné hry, ale v roce 1999 prohráli sérii National League Championship s Atlanta Braves. V roce 2000 si snadno zajistili místo v divoké kartě v play-off a vysloužili si cestu na světovou sérii 2000 proti svým soupeřům v Crosstownu, New York Yankees, za „sérii metra“. Mets porazili Yankeeové v pěti hrách.
Mets měli v roce 2001 krátkou play-off a zápasili v letech 2002 až 2004. Po sezóně 2004 Mets najal nového generálního manažera, Omar Minaya, který okamžitě změnil franšízu podpisem džbánu Pedra Martíneze a přijetím nového manažera Willieho Randolpha. Mets dokončili v roce 2005 čtyři hry přes 0,500 a obnova franšízy byla dokončena do roku 2006, když vyhráli 97 her a titul NL East za novými akvizicemi Carlosem Beltránem a Carlosem Delgadem, stejně jako mladými superhvězdami Josém Reyesem a Davidem Wrightem. Mets postoupili do hry sedmi NLCS z roku 2006, ale prohráli poté, co Yadier Molina zvítězil ve dvou běhu homerunu v horní části deváté směny. Mets naložili základny dvěma outy ve spodní části směny, ale Adam Wainwright vyrazil Beltrana při pohledu s ničivou křivkou.
V roce 2007 vstoupili Mets do posledních 17 her sezóny se sedmi -hlavní vedoucí v divizi. Ale tým šel na špatně načasovanou sérii porážek, prohrál 11 z následujících 15 her a potřeboval vyhrát své poslední dvě hry, aby se dostal do play-off. Mets vyhráli předposlední zápas, ale v poslední den sezóny se Tom Glavine vzdal sedmi běhů v první směně na cestě ke ztrátě 8: 1, která vyřadila tým ze sporu. Philadelphia Phillies vyhráli divizi o jeden zápas po výhře v poslední den sezóny.
David Wright byl posledním kapitánem Mets před odchodem do důchodu v roce 2018.
Mets si udrželi skromnější 3,5-herní náskok po 145 hrách sezóny 2008, jejich poslední sezóně v Shea Stadion. Zatímco jejich skóre 7–10 v úseku bylo lepší než 5–12 v předchozí sezóně, Philliesům to přesto umožnilo znovu je předat za divizní korunu, kterou o tři zápasy prohráli. Mets otevřeli Citi Field v roce 2009, ale nebyli faktorem kvůli vyrážce zranění mnoha klíčových hráčů, včetně Reyes, Carlos Beltrán, Carlos Delgado, Óliver Pérez a Liván Hernández. Účinek zranění propadl Mets na rekord 70–92. Mets se v roce 2010 zlepšili na 79–83, ale přesto skončili na čtvrtém místě a postrádali play off čtvrtý rok po sobě.
Po sezóně 2010 Mets vyhodili Minaya a manažera Jerryho Manuela. Bývalý Oakland Athletics G.M. a vedoucí MLB Sandy Alderson byl najat, aby řídil tým, který najal Terryho Collinsa jako manažera.
V roce 2012 majitelé Mets Fred Wilpon a Saul Katz urovnali žalobu proti nim jménem obětí Bernarda Madoffa „Ponziho plán za 162 milionů dolarů. Na základě této dohody se likvidátor Irving Picard zavázal zrušit poplatky, které Wilpon a Katz slepě šli spolu se systémem pro svůj osobní prospěch. Picard se původně snažil získat zpět 1 miliardu dolarů z Rodina Wilpon a Katz, ale usadili se na 162 milionech $ spolu s přiznáním, že ani Wilpons, ani Katz nevěděli o Ponziho schématu. V letech 2011–2012 prodalo vlastnictví společnosti Mets dvanáct menšinových 4% akcií (48%) franšízy za 20 $ milion za kus za poskytnutí peněžní infuze ve výši 240 milionů $ pro tým.
Navzdory další prohrané sezóně se Mets zapsal do historie v roce 2011, kdy užší Jason Isringhausen přeměnil svůj 300. zásah s týmem, třetím hráčem franšízy historii dosáhnout milníkem v organizaci (po Johnu Francovi a Billy Wagnerovi). Reyes se také stal prvním Met v historii franšízy, který vyhrál národní pálkařský titul v National League, s průměrem pálkování 0,337. V roce 2012, když se Mets pokusili odrazit se od tří po sobě jdoucích prohraných sezón, přišli s hvězdným shortstopem Reyesem do volné agentury, když podepsal smlouvu s Miami Marlins. Tým začal silně, v kariéře získal výkon jediného ligového knuckleballera, RA Dickeyho, a silnou produkci od Wrighta. Ale během sezóny selhali a skončili rekordem 74–88, opět skončili na čtvrtém místě v divizi.
Johan Santana v roce 2012 hodil jediného neohroženého v historii Mets.
Před sezónou 2012 Mets ještě nezavrhl žádného hittera a podvodníci franšízy odehráli 8 019 her, aniž by hráli jednu – delší než kterýkoli jiný hlavní – ligová franšíza. Byli jedním z pouhých dvou majoritních týmů, které nikdy neměly nadhazovač házet stopéra (tím druhým byl San Diego Padres). 1. června 2012 však Johan Santana postavil protihazování proti St. Louis Cardinals. Santana odvrátil pozornost od návratu Carlose Beltrána na Citi Field a Santana proměnil rutinní hru v nezapomenutelný okamžik v historii Mets. Santana riskoval, že bude vyřazen ze hry poté, co překročil hranici 110 hřišť, které tým umístil kvůli operaci ramene. Santana přesto zůstal ve hře a ten večer hodil celkem 134 hřišť vítězstvím 8: 0 Mets, k čemuž přispělo několik skvělých obranných her i kontroverzní volání faulem (shodou okolností na Beltrana), aby stáhlo první no- hitter v historii Mets. To byl vrchol roku 2012 spolu s džbánem R.A. Dickey vyhrál cenu National League Cy Young Award. To by však byla Dickeyho finální sezóna s Mets, protože spolu s Joshem Tholem a Mikem Nickeasem byli vyměněni do Toronta Blue Jays za vyhlídky Travise d “Arnauda, Noaha Syndergaarda, Wuilmera Becerru a chytače veteránů Johna Bucka. Sezóna 2013 přinesla dalších 74–88 dojezdů, ale dokázali dojet na 3. místě. Vrcholem sezóny bylo zametání sezonní série mezi jejich rivaly cross-country Yankees, první od zahájení interligové hry v roce 1997.
Jacob deGrom, Rookie of the Year 2014 a vítěz Cy Young 2018 a 2019.
Před začátkem sezóny 2014 Mets vyrobili velký rozruch na trhu volných hráčů podpisem bývalého outfieldera New York Yankees Curtise Grandersona na čtyřletou smlouvu na 60 milionů dolarů. Podepsali také bývalého nadhazovače Oakland Athletics Bartola Colóna na dvouletou smlouvu, aby pomohli vyrovnat ztrátu esového nadhazovače Matta Harveyho na rok poté, co vyžadoval operaci Tommyho Johna. Zlepšili by se na 79–83 a dokončili sezónu na děleném 2. místě s Atlantou, ale byla to jejich šestá sezóna po sobě, kde skončili pod 0,500. Džbán Jacob deGrom by vyhrál nováčka roku v národní lize.
23. dubna 2015 Mets svázali rekord franšízové sezóny s jedenácti vítězstvími v řadě. Poprvé ve své historii Mets vyhráli deset přímých domácích zápasů a stali se 7. týmem od roku 1900, který vyhrál nejméně 10 přímých domácích zápasů. 26. září 2015 si Mets zajistili titul divize NL East, a tedy své první kotviště v sezóně od roku 2006, když porazili Cincinnati Reds 10–2. Porazili Los Angeles Dodgers v NLDS, tři hry ke dvěma, a zametli Chicago Cubs v NLCS za jejich první vlajku za 15 let. V roce 2015 World Series, byli poraženi Kansas City Royals v pěti hrách. Po skončení sezóny získal džbán Matt Harvey ocenění NL Comeback Player of the Year. Outfielder Yoenis Céspedes získal cenu NL Gold Glove jako levý hráč v poli.
Mets se vrátili do playoffs v roce 2016, což je teprve podruhé v historii franšízy, kdy se tým kvalifikoval na playoffs v po sobě jdoucích letech. Se záznamem 87-75 se tým kvalifikoval do hry divokých karet, ale prohrál s San Francisco Giants 3: 0. Ten rok byl Céspedes oceněn Silver Slugger Award a outfielder, Curtis Granderson, byl oceněn Roberto Clemente Award. Mets se nepodařilo dostat se do play-off po zbytek dekády, když v roce 2019 skončili na maximálně třetím místě, když skončili s vítězným rekordem 86-76 (nejvyšší ze všech týmů, které se nekvalifikovaly na playoffs). Konec desetiletí se shodoval také s Jacobem deGromem, který získal dvě po sobě jdoucí ceny Cy Young Awards (včetně sezóny 2018, kdy nadhazovač zakončil rok s 1,70 ERA) a prvního basemana, Pete Alonso, vyhrál Rookie roku 2019 a skončil sezóna s 53 homeruny vedoucími z hlavní ligy – nejvíce z jakéhokoli nováčka v historii MLB.
28. srpna 2020 Amed Rosario zasáhl na domácí půdě proti Yankees v Yankee Stadión. Mets byly určeným domácím týmem, protože dohnaly dříve zrušenou hru. Bylo to poprvé, co hráč narazil na domácí běh v protivníkově hřišti, protože Ed McKean zasáhl jeden pro St. Louis Perfectos proti Cleveland Spiders v roce 1899.
30. října V roce 2020 se majoritním vlastníkem Mets stal Steve Cohen, který vlastní 95% týmu, což z něj dělá současného nejbohatšího majitele baseballu. Koupil tým od rodiny Wilponů za 2,475 miliardy $, přičemž zbývajících 5% si ponechal Wilpons.