Mezi komplikace patří „syndrom plynového nafouknutí“, dysfagie (potíže s polykáním), syndrom dumpingu, nadměrné zjizvení, poškození nervu vagus a zřídka achalázie. Fundoplikace se také může v průběhu času vrátit zpět v přibližně 5–10% případů, což může vést k opětovnému výskytu příznaků. Pokud příznaky vyžadují opakovanou operaci, může chirurg k posílení spojení použít Marlex nebo jinou formu umělé síťoviny. Je možný pooperační syndrom dráždivého tračníku, který trvá přibližně 2 týdny.
U „syndromu plynového nafouknutí“ může fundoplikace změnit mechanickou schopnost žaludku eliminovat polknutý vzduch říháním, což vede k hromadění plyn v žaludku nebo tenkém střevě. Údaje se liší, ale určitý stupeň nadýmání se může objevit až u 41% pacientů v Nissenu, zatímco u pacientů podstupujících částečnou přední fundoplikaci je výskyt menší. Syndrom plynového nadýmání obvykle vymizí během 2 až 4 týdnů, u některých však může přetrvávat. Páchající plyn může také pocházet z dietních zdrojů (zejména sycených nápojů) nebo z nedobrovolného polykání vzduchu (aerofagie). Pokud pooperační syndrom plynového nadýmání časem nevyřeší, může být nutná dietní omezení, poradenství ohledně aerofagie a korekce – buď endoskopickou balónkovou dilatací nebo opakovaným chirurgickým zákrokem k revizi Nissenovy fundoplikace na částečnou fundoplikaci.
Zvracení je někdy nemožné nebo, pokud ne, velmi bolestivé po fundoplikaci, s pravděpodobností této komplikace obvykle klesá v měsících po operaci. V některých případech je účelem této operace napravit nadměrné zvracení. Zpočátku je zvracení nemožné; po usazení zábalu se však může vytvořit malé množství zvratků a v extrémních případech, jako je otrava alkoholem nebo otrava jídlem, může být pacient schopen zvracet volně s určitou mírou bolesti.