Srážky s kometami a asteroidy
V roce 1994 narazila do atmosféry Jupiteru kometa Shoemaker-Levy 9, která byla objevena v předchozím roce. po rozbití na více než 20 fragmentů. Postupné výbuchy byly pozorovány dalekohledy na povrchu Země, Hubblovým kosmickým dalekohledem obíhajícím kolem Země a kosmickou lodí Galileo na cestě k Jupiteru. Pouze Galileo viděl exploze přímo, protože k nim došlo na zadní straně Jupiteru, jak je vidět ze Země. Ohnivé koule produkované největšími úlomky se však zvedly nad končetinu planety a výsledné černé šmouhy v oblačných vrstvách Jupitera byly viditelné i v malých dalekohledech, když je Jupiterova rotace viděla. Spektroskopické studie odhalily, že dopady vyprodukovaly nebo dodaly mnoho chemických látek, jako je voda, kyanovodík a oxid uhelnatý, látky, které existují na Jupiteru, ale v mnohem menších koncentracích. Přebytek oxidu uhelnatého a kyanovodíku zůstal detekovatelný v horní atmosféře několik let po události. Kromě vlastního zájmu vyvolala srážka komety s Jupiterem podrobné studie účinků, které by kometární dopady měly na Zemi (viz Nebezpečí dopadu Země).
Tým komet Hubble Space Telescope
NASA / JPL
V roce 2009 se poblíž jižního pólu Jupiteru objevila tmavá skvrna podobná těm, které po sobě zanechaly fragmenty komety Shoemaker-Levy 9. Jelikož byla vidět pouze jedna skvrna, věřilo se, že dopadajícím tělesem bylo jediné těleso – buď kometa nebo asteroid – spíše než řetěz fragmentů.