Spilotro ja hänen veljensä Michael katosivat 14. kesäkuuta 1986, kun he ajoivat yhdessä pois Michaelin Oak Park -kotista. Michaelin vaimo Anne ilmoitti molempien veljien kadonneen kesäkuussa 16. Michaelin auto, vuoden 1986 Lincoln, otettiin talteen useita päiviä myöhemmin motellin pysäköintialueella lähellä O ”Haren kansainvälistä lentokenttää. Heidän ruumiinsa löydettiin 22. kesäkuuta, päällekkäin ja riisuttiin alushousuihinsa, haudattiin viljapellolle Willow Slough -suojelualueelle lähellä Enosia, Indianassa. Juuri kääntyneen maan oli huomannut viljelijä, joka ajatteli, että salametsästäjä oli haudannut sesongin ulkopuolella tapettujen peurojen jäännökset, ja ilmoitti asiasta viranomaisille. 24. kesäkuuta päättyneessä ruumiinavauksessa tunnistettiin heidän kuolinsyytään tylpäksi traumaksi ja varmistettiin, että he olivat olleet kuolleita 14. kesäkuuta lähtien. Heidät tunnistettiin hammaslääkärikarttojen perusteella, jotka heidän hammaslääkäri Patrick Spilotro toimitti. Kaksi haudattiin perheen tontille Queen of Heavenin hautausmaalle Hillsideen, Illinois, 27. kesäkuuta.
Tammikuussa 1986 Joseph Aiupan ja John Ceronen vangitsemisen seurauksena Las Vegasin kasinon pukeutumisesta. voitot, kokous pidettiin Czech Lodgeissa North Riverside, Illinois. Suurin osa ”ylemmästä vaiheesta” oli siellä, mukaan lukien Outfit-pomo Tony ”Joe Batters” Accardo. Accardo oli päättänyt nimittää Samuel Carlisin ”Street Bossiksi”, joka vastaa Outfit-toiminnasta Aiupan tilalle. Carlisi kertoi ryhmälle, että Accardo pysyisi yhtä tunnollisena ja saisi lopullisen sanan, samoin kuin Gus Alex pysyisi yhteyspisteiden päällikkönä. Sitten hän jatkoi ensimmäistä ongelmaa: Spilotroa ja kuinka asiat olivat laskeneet sen jälkeen kun hän otti haltuunsa Vegasin. Mafioosio ja väkivallan valvoja Rocco Infelice sanoivat: ”Lyö häntä.” Kaikki muut kokouksessa olivat samaa mieltä. Spilotro korvattiin Las Vegasissa Donald ”The Wizard of Odds” Angelinilla.
Vaikka alkuperäisissä raporteissa todettiin, että Spilotrot hakattiin ja haudattiin Enosiin, Indianaan, viljapellolle, mafiaster Nicholas Calabrese todisti Operationissa. Perhesalaisuudet ”vuonna 2007, että veljet tapettiin ensin Bensenvillessä Illinoisissa, kellarissa, jossa Spilotros uskoivat, että Michael otettaisiin mukaan Outfitiin, sitten heidän ruumiinsa kuljetettiin viljapellolle. Tuomioistuimen todistusten mukaan kun Tony meni kellariin ja huomasi tapahtuneen, hän kysyi, voisiko hän ”rukoilla”.
Pidätyksiä ei tehty ennen kuin 25. huhtikuuta 2005, jolloin 14 Chicago Outfit (mukaan lukien maineikkain pomo James Marcello) syytettiin 18 murhasta, mukaan lukien Spilotros ”. Epäiltyihin murhaajiin kuului capo Albert Tocco Chicago Heightsista, Illinoisista, joka tuomittiin 200 vuodeksi vankilaan vuonna 1990 vaimonsa todistajan jälkeen. Hän todisti, että vuonna 1986 hän ajoi aviomiehensä Indianan viljapellolta, jossa hän kertoi äskettäin hautaneensa Spilotron.
18. toukokuuta 2007 hallituksen tähtitodistaja vastaan 14 Chicagon väkijoukon Nicholas Calabrese tunnusti syyllisyytensä osallistumisesta salaliittoon, johon sisältyi 18 murhaa, mukaan lukien Anthony ja Michael Spilotro. Vakavan turvallisuuden alla Calabrese myönsi osallistuneensa 14 murhan suunnitteluun tai toteuttamiseen, mukaan lukien Spilotron murhat. Hänestä tuli keskeinen todistaja veljeään, Frank Calabreseä, vanhempaa, ja muita suuria väkijoukon hahmoja vastaan, joita syytettiin hallituksen perheen salaisuustutkinnasta. Calabrese suostui todistamaan sen jälkeen, kun FBI oli osoittanut hänelle DNA-todisteita, jotka liittivät hänet muiden hittien murhaan. mies John Fecarotta, joka väitetysti osallistui myös Spilotron tappamiseen.
Syyskuussa 2007 Frank Calabrese, vanhempi ja neljä muuta miestä – Marcello, Joseph Lombardo, Paul ”The Indian” Schiro ja entinen Chicago poliisi Anthony ”Twan” Doyle – tuomittiin väkijoukkoon liittyvistä rikoksista. Liittovaltion tuomaristo totesi Marcellon syylliseksi 27. syyskuuta 2007 molempien Spilotro-veljien murhissa. 5. helmikuuta 2009 Marcello tuomittiin elinkautiseen vankeuteen. Spilotron murhista, ja Yhdysvaltain piirituomari James Zagel, joka oli samaa mieltä liittovaltion syyttäjä Markus Funkin esityksestä, löysi myös Marcellon vastuusta myös Andrea D-murhasta, vaikka tuomaristo oli umpikujassa. Nicholas Calabrese tuomittiin 26. maaliskuuta 2009 12 vuodeksi ja neljäksi kuukaudeksi vankeuteen.
Vuonna 2010 haastattelussa Maxim-lehdelle samalla kun hän edisti Las Vegas Mob Experience -sovelluksen avaamista Tropicana-hotellissa, Tony Spilotrossa. ”Poika Vincent väitti, että todellinen kohde oli hänen setänsä Michael, ja Tony tapettiin koston estämiseksi.