Komplikaatioita ovat ”kaasun turvotusoireyhtymä”, nielemisvaikeudet, nielemisvaikeudet, liiallinen arpeutuminen, vagus-hermovauriot ja harvoin achalasia. Fundoplikaatio voi myös muuttua ajan myötä noin 5–10 prosentissa tapauksista, mikä johtaa oireiden uusiutumiseen. Jos oireet edellyttävät toistuvaa leikkausta, kirurgi voi käyttää Marlexia tai muuta keinotekoista verkkoa yhteyden vahvistamiseksi. Noin 2 viikkoa kestävä leikkauksen jälkeinen ärtyvän suolen oireyhtymä on mahdollinen.
”Gas bloat -oireyhtymässä” fundoplication voi muuttaa mahalaukun mekaanista kykyä poistaa nielty ilma röyhtäilyllä, mikä johtaa kaasua mahassa tai ohutsuolessa. Tiedot vaihtelevat, mutta jopa 41 prosentilla Nissen-potilaista saattaa esiintyä jonkin verran kaasun turvotusta, kun taas osittaisen etupohjan levityksen potilailla esiintyy vähemmän. Kaasun turvotusoireyhtymä on yleensä itsestään rajoittuva 2-4 viikon kuluessa, mutta joissakin se voi jatkua. Rikkomista aiheuttava kaasu voi myös tulla ravinnon lähteistä (erityisesti hiilihapollisista juomista) tai tahattomasta ilman nielemisestä (aerofagia). Jos leikkauksen jälkeinen kaasu-turvotus-oireyhtymä ei ratkaise ajan myötä, ruokavalion rajoitukset, aerofagiaa koskeva neuvonta ja korjaus – joko endoskooppisella ilmapallolaajennuksella tai toistuvalla leikkauksella Nissenin fundoplikaation muuttamiseksi osittaiseksi fundplikaatioksi – voi olla tarpeen.
Oksentelu on joskus mahdotonta tai, jos ei, erittäin kivulias fundoplikaation jälkeen, ja tämän komplikaation todennäköisyys vähenee tyypillisesti leikkauksen jälkeisinä kuukausina. Joissakin tapauksissa tämän toimenpiteen tarkoituksena on korjata liiallinen oksentelu. Aluksi oksentelu on mahdotonta; pieniä määriä oksentelua voi kuitenkin syntyä sen jälkeen, kun kääre laskeutuu ajan myötä, ja äärimmäisissä tapauksissa, kuten alkoholimyrkytys tai ruokamyrkytys, potilas voi pystyä oksentamaan vapaasti jonkin verran kipua.