1880-luvulla Pariisissa Palais Garnier -oopperatalon uskotaan kummittelevan yksikkö, joka tunnetaan nimellä Oopperan kummitus tai yksinkertaisesti Oopperan kummitus. Joseph Buquet -niminen lavakäsi löydetään ripustettuna, silmukka hänen kaulassaan puuttuu.
Oopperatalon kahden johtajan eläkkeelle siirtymisen gaalaesityksessä nuori, vähän tunnettu ruotsalainen sopraano, Christine Daaé, kutsutaan laulamaan Oopperan johtavan sopraanon tilalle, Carlotta, joka on sairas, ja Christinen esitys on hämmästyttävä menestys. Esityksessä läsnä ollut varapuheenjohtaja Raoul de Chagny tunnistaa hänet lapsuuden leikkikavereikseen ja muistuttaa rakkautensa häntä kohtaan. Hän yrittää vierailla hänen kulissiensa takana, missä hän kuulee miehen kohtelevan häntä pukuhuoneen sisältä. Hän tutkii huonetta, kun Christine lähtee, mutta löytää sen tyhjäksi.
Perros-Guirecissä Christine tapaa Raoulin, joka kohtaa hänet huoneessaan kuulemastaan äänestä. Christine kertoo hänelle, että musiikin enkeli on opettanut häntä, josta hänen isänsä tapasi kertoa heille. Kun Raoul ehdottaa, että hän saattaa joutua keppon uhriksi, hän ryntää. Christine vierailee isänsä haudalla eräänä iltana, missä salaperäinen hahmo ilmestyy ja soittaa hänelle viulua. Raoul yrittää kohdata sen, mutta häntä vastaan hyökätään ja pudotetaan.
Takaisin Palais Garnier -kadulle, uudet johtajat saavat Phantomilta kirjeen, jossa heitä vaaditaan antamaan Christinen suorittamaan Margueriten päärooli Faustissa, ja jättämään laatikko 5 tyhjäksi hänen käyttöönsä, jotta he eivät esiintyisi talossa, jossa on kirous. hänen vaatimuksensa ovat kepponen ja jättävät ne huomiotta, mistä seuraa katastrofaaliset seuraukset, kun Carlotta päätyy krooksemaan kuin rupikonna, ja kattokruunu yhtäkkiä putoaa yleisöön ja tappaa katsojan. epämuodostunut mies, jota kutsutaan Erikiksi.
Erik aikoo pitää vankinsa hänen parissaan muutaman päivän. Silti hän saa hänet muuttamaan suunnitelmiaan, kun hän paljastaa hänet ja kummankin kauhuksi, näkee hänen nenettömät, uppoutuneet silmät, jotka muistuttavat vuosisatojen ajan kuivunut kallo. Pelkäävänsä, että hän jättää hänet, hän päättää pitää hänet pysyvästi, mutta kun Christine pyytää vapauttamista kahden viikon kuluttua, hän suostuu sillä ehdolla, että hän käyttää hänen sormustaan ja olla uskollinen hänelle.
Katolla Oopperatalossa Christine kertoo Raoulille sieppauksestaan ja saa Raoulin lupaamaan viedä hänet paikkaan, josta Erik ei koskaan löydä häntä, vaikka hän vastustaisi sitä. Raoul kertoo Christineelle, että hän noudattaa lupauksensa seuraavana päivänä, jonka hän suostuu. Christine kuitenkin tuntee myötätuntoa Erikille ja päättää laulaa hänelle viimeisen kerran hyvästään. Christine ja Raoul tietämättä Erik on seurannut heitä ja kuullut heidän koko keskustelunsa.
Seuraavana iltana raivostunut ja kateellinen Erik sieppaa Christinen Faust-tuotannon aikana ja yrittää pakottaa hänet menemään naimisiin hänen kanssaan. Raoulia johtaa salaperäinen ooppera, joka tunnetaan vain nimellä ”persialainen” Erikin salaisessa pesässä syvällä oopperatalon suolistossa. Silti he joutuvat erik peilihuoneen loukkuun, joka uhkaa, ellei Christine suostu naimisiin hänen kanssaan, hän tappaa heidät ja kaikki oopperatalossa räjähteillä.
Christine suostuu menemään naimisiin Erikin kanssa. Erik yrittää aluksi hukuttaa Raoulin ja persialaiset käyttämällä vettä, jota olisi käytetty hiekkaan. Silti Christine kerjää ja tarjoaa olevansa hänen ”elävä morsiamensa” ja lupaa, ettei hän tapa itsensä morsiamensa, koska hän oli juuri yrittänyt itsemurhaa. Erik lopulta vapauttaa Raoulin ja persialaisen kidutuskammiostaan.
Kun Erik on yksin Christinen kanssa, hän nostaa naamionsa suudellakseen häntä otsaan ja hänelle annetaan lopulta suudelma. Erik paljastaa, ettei hän ole koskaan suutellut ketään, myös omaa äitiään, joka pakenisi jos koskaan yritti suudella häntä. Hän on tunteiden vallassa. Hän ja Christine sitten itkevät yhdessä, ja heidän kyyneleensä ”sekoittuvat”. Hän myös pitää hänen kättään ja sanoo: ”Huono, onneton Erik”, mikä tarkoittaa häntä ”koiraksi, joka on valmis kuolemaan hänen puolestaan”.
Hän sallii persialaisen ja Raoul pakenemaan, vaikkakaan ennen kuin Christine lupasi, että hän vierailee hänen kuolemapäivänään ja palauttaa hänelle antamansa kultasormuksen. Hän antaa myös persialaisen lupauksen, että hän menee myöhemmin sanomalehteen ja ilmoittaa kuolemastaan, koska kuolee pian ”rakkaudesta”.
Joskus myöhemmin Christine palaa Erikin pesään, ja hautaa hänet pyynnöstään jonnekin, missä häntä ei koskaan löydy, ja palauttaa kultasormuksen. Jälkeenpäin paikallisessa sanomalehdessä on yksinkertainen huomautus: ”Erik on kuollut.” Christine ja Raoul pakenevat yhdessä, eivät koskaan palaa.
Epilogi palaa yhteen palasia Erikin elämästä, tiedot, jotka ”kertoja” sai persialaisilta. Paljastetaan, että Erik oli rakennusyrityksen omistajan poika, joka oli epämuodostunut syntymänsä jälkeen.Hän pakeni kotimaastaan Normandiasta työskentelemään messuilla ja asuntovaunuissa, kouluttamalla itseään sirkuksen taiteille ympäri Eurooppaa ja Aasiaa ja lopulta rakentamaan temppelipalatseja Persiaan ja Turkkiin. Lopulta hän palasi Ranskaan ja aloitti oman rakennusliiketoimintansa. Saatuaan alihankintana työskentelemään Palais Garnier -säätiön parissa Erik oli huomaamattomasti rakentanut itselleen lepotilan katoamaan, täydennettynä piilotetuilla käytävillä ja muilla temppuilla, jotka antoivat hänelle vakooja johtajia.