Pariisin viranomaiset valitsivat helposti saavutettavan paikan, joka oli tuolloin pääkaupungin ulkopuolella: entiset Tombe-Issoiren louhokset Montrougen tasangon alla. Nämä louhokset olivat toiminnassa ainakin 1500-luvulta lähtien ja sitten hylätyt, ja ne olivat pieni osa labyrinttia, joka ulottui kaupungin alle noin 800 hehtaarille. Paikan valmistelu ja luunsiirtojen organisointi uskottiin louhoksen yleisen tarkastuksen osaston tarkastajalle Charles Axel Guillaumotille. Tämän osaston, jonka Louis XVI perusti 4. huhtikuuta 1777, tehtävänä oli lujittaa hylättyjä louhoksia Pariisin alla tapahtuvien suurten maanjäristysten jälkeen 1700-luvun puolivälissä.
Ensimmäiset evakuoinnit tehtiin vuosina 1785–1787, ja ne koskivat Pariisin suurinta hautausmaata, Pyhien-Innocentsin hautausmaata, joka oli suljettu vuonna 1780 peräkkäisen käytön jälkeen lähes kymmenen vuosisadan ajan. Haudat, yhteishaudat ja karneelitalo tyhjennettiin luista, jotka kuljetettiin yöllä Pariisin väestön ja kirkon vihamielisten reaktioiden välttämiseksi. Luut kaadettiin kahteen louhoskaivoon ja louhostyöntekijät levittivät ne sitten paaluihin gallerioihin. Siirtoja jatkettiin Ranskan vallankumouksen jälkeen vuoteen 1814 asti tukahduttamalla seurakunnan hautausmaita, kuten Saint-Eustache, Saint-Nicolas-des-Champs ja Bernardinsin luostari, Pariisin keskustassa. Ne aloitettiin uudestaan vuonna 1840, Louis-Philippe -kaupungin kunnostamisen ja kaupungin Haussmannian uudelleenmäärittelyn aikana vuosina 1859–1860. Alue vihittiin ”Pariisin kunnallisosuukseksi” 7. huhtikuuta 1786, ja siitä lähtien, otti myyttisen nimen ”katakombit” viitaten roomalaisiin katakombeihin, jotka olivat kiehtoneet yleisöä niiden löytämisestä lähtien.
Vuodesta 1809 alkaen katakombit avattiin yleisölle sopimuksen mukaan. Piirin loppuun sijoitettiin rekisteri, johon kävijät voivat kirjoittaa vaikutelmansa. Se täytettiin hyvin nopeasti, koska näistä vierailuista oli nopeasti tullut menestys sekä ranskalaisten että ulkomaalaisten keskuudessa. Vuosien mittaan ossuarysta tuli monien maineikkaiden ihmisten lepopaikka. Vuonna 1787 Artoisin kreivi, tuleva Kaarle X, vieraili paikalla tuomioistuinnaisten ryhmän seurassa; vuonna 1814 Itävallan keisari Francis I kiersi siellä; ja vuonna 1860 Napoleon III laskeutui poikansa kanssa katakombeihin.
Vierailujärjestelyt muuttuivat 1800-luvulla jatkuvasti sulkemisesta kuukausittaiseen tai neljännesvuosittaiseen avaamiseen. Pariisin katakombit ovat nyt avoinna kaikille ilman lupaa, ja ne toivottavat tervetulleiksi lähes 550 000 kävijää vuodessa.