パリ当局は、当時は首都の外にあった、簡単にアクセスできるサイトを選択しました。モンルージュの平原にある旧トンブイソワール採石場です。少なくとも15世紀から操業していて、その後放棄されたこれらの採石場は、約800ヘクタール以上の都市の下に広がる迷路のごく一部でした。サイトの準備と骨の移動の組織化は、一般採石場検査局の検査官であるCharles AxelGuillaumotに委託されました。 1777年4月4日にルイ16世によって設立されたこの部門の使命は、18世紀半ばにパリの下で大規模な地盤崩壊が発生した後、放棄された採石場を統合することでした。
最初の避難は1785年から1787年にかけて行われ、パリで最大の墓地である聖イノセント墓地が関係していました。この墓地は、10世紀近く連続して使用された後1780年に閉鎖されました。墓、共同墓地、納骨堂は骨が空になり、パリの住民と教会からの敵対的な反応を避けるために夜に運ばれました。骨は2つの採石場の井戸に投棄され、採石場の労働者によって分配されてギャラリーに積み上げられました。フランス革命後、1814年まで移籍が続き、パリ中心部のサントゥスタッシュ教会、サンニコラデシャンプ教会、ベルナルダン修道院などの教区墓地が制圧されました。それらは1840年にルイ・フィリップによる都市の改修と1859年から1860年までのオスマンによる都市の再構成の間に再び開始されました。この場所は1786年4月7日に「パリ市納骨堂」として奉献され、それ以降、発見以来大衆を魅了してきたローマのカタコンベにちなんで、「カタコンベ」という神話上の名前が付けられました。
1809年から、カタコンベは予約制で一般公開されました。サーキットの最後には、来場者が感想を書けるレジスターが設置されました。これらの訪問はフランス人と外国人の両方ですぐに成功したので、それは非常に急速に満たされました。年が経つにつれて、納骨堂は多くの著名な個人の休憩所になりました。 1787年、将来のシャルル10世であるアルトワ伯爵が、法廷の女性グループと一緒に現場を訪れました。 1814年、オーストリア皇帝フランソワ1世がツアーに参加しました。そして1860年に、ナポレオン3世は息子と一緒にカタコンベに降りました。
19世紀の間、訪問の手配は、完全な閉鎖から毎月または四半期ごとの開放まで、絶えず変化しました。パリのカタコンベは現在、許可を必要とせずに誰でも利用でき、年間55万人近くの訪問者を歓迎しています。