1880年代、パリでは、ガルニエ宮のオペラハウスは、オペラ座の怪人、または単にオペラの幽霊として知られている実体に悩まされていると考えられています。ジョセフ・ブケという名の舞台係が絞首刑にされており、首の周りの縄が欠けています。
オペラハウスの引退のためのガラ公演で、2人のマネージャー、若くてあまり知られていないスウェーデンのソプラノ、クリスティーヌダーエが、オペラの主要なソプラノの代わりに歌うように求められます。病気のカルロッタとクリスティーヌのパフォーマンスは驚くべき成功を収めています。公演に出席したラウル・シャニュイ子爵は、彼女を子供の頃の遊び相手として認識し、彼女への愛を思い出します。彼は舞台裏で彼女を訪ねようとします。そこで彼は、彼女のドレッシングルームの中から男性が彼女をほめているのを聞きます。クリスティンが去った後、彼は部屋を調査しましたが、空でした。
ペロスギレックで、クリスティンはラウルと会いました。ラウルは彼女の部屋で聞いた声について彼女に立ち向かいます。クリスティンは、彼女の父親が彼らに話していた音楽の天使から指導を受けたと彼に話します。ラウルがいたずらの犠牲者である可能性があると示唆したとき、彼女は暴風雨に襲われます。クリスティンはある夜、父親の墓を訪れ、謎の人物が現れてバイオリンを弾きます。ラウルはそれに立ち向かおうとしますが、その過程で攻撃されてノックアウトされます。
パレガルニエに戻り、新しいマネージャーはファントムから手紙を受け取り、クリスティンがファウストでマルグリットの主役を演じることを許可し、ボックス5は呪いのある家で演じないように、彼の使用のために空のままにしておくことを要求します。彼の要求はいたずらであり、それらを無視し、カルロッタがヒキガエルのように鳴き、シャンデリアが突然観客の中に落ちて観客を殺したため、悲惨な結果をもたらしました。ファントムは、クリスティンをドレッシングルームから誘拐したことで、エリックと呼ばれる変形した男。
エリックは囚人を数日間彼と一緒に隠れ家に閉じ込めるつもりです。それでも、彼女は彼のマスクを外すと彼に計画を変更させ、両方の恐怖に、に似ている彼の鼻のない、くぼんだ目の顔を見ます頭蓋骨は何世紀にもわたって干上がった。彼女が彼を去ることを恐れて、彼は彼女を永久に保持することに決めました、しかしクリスティンが2週間後に解放を要求するとき、彼は彼女が彼の指輪を身に着けて彼に忠実であるという条件に同意します。
の屋根の上でオペラハウスのクリスティンはラウルに誘拐について話し、ラウルに、たとえ抵抗してもエリックが彼女を見つけることができない場所に彼女を連れて行くことを約束させます。ラウルはクリスティンに、翌日約束に基づいて行動することを伝え、彼女はそれに同意します。しかし、クリスティンはエリックに同情し、さようならを言う手段として最後にもう一度彼のために歌うことにしました。クリスティーヌとラウルには知られていないが、エリックは彼らを見て、彼らの会話全体を耳にした。
次の夜、怒り狂った嫉妬深いエリックはファウストの制作中にクリスティーヌを誘拐し、彼女に彼と結婚させようとする。ラウルは、オペラハウスの奥深くにあるエリックの秘密の隠れ家に「ペルシャ人」としてのみ知られている神秘的なオペラの常連に率いられていますが、それでも、クリスティンが同意しない限り、エリックによって鏡の部屋に閉じ込められてしまうと脅迫しています彼と結婚すると、彼は爆発物を使って彼らとオペラハウスの全員を殺します。
クリスティンはエリックと結婚することに同意します。エリックは最初、ラウルとペルシャ人を溺死させようとします。それでも、クリスティンは彼の「生きている花嫁」になることを懇願し、申し出て、彼女が自殺を試みたばかりだったので、彼の花嫁になった後に自殺しないことを約束しました。エリックは最終的にラウルとペルシャ人を彼の拷問室から解放します。
エリックがクリスティンと二人きりになると、マスクを持ち上げて額にキスをし、最終的にはキスを返します。エリックは、自分の母親を含め、誰にもキスしたことがないことを明かします。彼女にキスをしようとした彼は感情に打ち勝ちました彼とクリスティンはその後一緒に泣くと、彼らの涙が「混ざり合う」。彼女はまた、手を握って「かわいそうな、不幸なエリック」と言い、それは彼を「彼女のために死ぬ準備ができている犬」に変える。
彼はペルシャ人を許す。そしてラウルは逃げるために、クリスティンに彼の死の日に彼を訪ねて彼が彼女に与えた金の指輪を返すと約束する前ではなかった。彼はまた、ペルシャ人に、その後新聞に行き、彼の死を報告することを約束します。彼はすぐに「愛のために」死ぬからです。
確かに、しばらくして、クリスティンはエリックの隠れ家に戻ります。そして彼の要求により、彼が決して見つからない場所に彼を埋め、金の指輪を返します。その後、地元の新聞は「エリックは死んだ」という簡単なメモを掲載します。クリスティンとラウルは一緒に逃げ出し、二度と戻りません。
エピローグは、エリックの人生の断片、「ナレーター」がペルシア語から得た情報をつなぎ合わせています。エリックは建設業の経営者の息子であり、出生時に変形したことが明らかになった。彼は生まれ故郷のノルマンディーから逃げ出し、見本市やキャラバンで働き、ヨーロッパとアジアのサーカスの芸術を学び、最終的にペルシャとトルコにトリックパレスを建設しました。 最終的に、彼はフランスに戻り、彼自身の建設事業を始めました。 ガルニエ宮の基礎工事を請け負った後、エリックは慎重に隠れ家を作り、隠れた通路やその他のトリックを使ってマネージャーをスパイすることができました。