合併症には、「胃拡張症候群」、嚥下障害（嚥下障害）、ダンピング症候群、過度の瘢痕、迷走神経損傷、まれにアカラシアなどがあります。噴門形成術はまた、症例の約5〜10％で時間の経過とともに元に戻り、症状の再発につながる可能性があります。症状が繰り返しの手術を必要とする場合、外科医は接続を強化するためにマーレックスまたは別の形式の人工メッシュを使用することがあります。術後の過敏性腸症候群は約2週間続く可能性があります。
「ガス膨張症候群」では、噴門形成術によって胃の機械的能力が変化し、げっぷによって飲み込まれた空気を排除し、胃や小腸のガス。データはさまざまですが、ニッセン患者の41％である程度のガス膨満が発生する可能性がありますが、部分的な噴門形成術を受けている患者では発生は少なくなります。胃拡張症候群は通常2〜4週間以内に自己制限しますが、持続する場合もあります。問題のあるガスは、食事源（特に炭酸飲料）または不随意の空気の飲み込み（空気嚥下症）からも発生する可能性があります。術後のガス膨満症候群が時間の経過とともに解決しない場合は、食事制限、空気嚥下症に関するカウンセリング、および内視鏡的バルーン拡張術またはニッセン噴門形成術を部分的噴門形成術に修正するための反復手術による矯正が必要になる場合があります。
噴門形成術後の嘔吐は不可能な場合もあれば、非常に痛みを伴う場合もあり、この合併症の可能性は通常、手術後数か月で減少します。場合によっては、この操作の目的は過度の嘔吐を矯正することです。当初、嘔吐は不可能です。ただし、ラップが時間の経過とともに落ち着いた後、少量の嘔吐が生じることがあり、アルコール中毒や食中毒などの極端な場合、患者はある程度の痛みを伴って自由に嘔吐できる可能性があります。