Reign
Da Henry døde, var Isabella i Segovia, noe som ble sikret for hennes påstand. Hun ble støttet av en viktig gruppe av castilianske adelsmenn, inkludert kardinal Pedro González de Mendoza, konstabelen i Castilla (en Velasco), og admiralen (en Enríquez), som var i slekt med Ferdinands mor. Den motsatte fraksjonen, som fremmet motkravene til Joan, inkluderte erkebiskopen i Toledo; en tidligere supporter, mesteren i Calatrava (en innflytelsesrik militær orden); og de kraftige unge teltene de Villena. De ble støttet av Afonso V fra Portugal, som skyndte seg å invadere Castilla og der forlovet seg med Joan. De første fire årene av Isabellas styre ble dermed okkupert av en borgerkrig, som endte med nederlag for hennes kastilianske motstandere og for den portugisiske kongen (24. februar 1479). Da Johannes II av Aragon døde samme år, kom kongedømmene i Castile og Aragon sammen om personene til deres herskere.
Spania dukket opp som et samlet land, men det gikk lenge før denne personlige unionen ville føre til effektiv politisk forening. Ferdinand gjorde i sin første testamente (1475) Isabella til sin arving i Aragon og erklærte åpent fordelene hans undersåtter ville ha fra unionen med Castile. Men hvert kongerike fortsatte å bli styrt i henhold til sine egne institusjoner. De to suverene var absolutt forenet i målet om å avslutte den lange prosessen med Reconquista ved å ta over kongeriket Granada – det siste muslimske høyborg i Spania. Til slutt viste det seg imidlertid at erobringen (som begynte i 1482) var vanskelig og trukket ut, og den anstrengte økonomien i Castilla. Selv om noen av funksjonene i kampanjen var middelalder (som kampens rekkefølge), var andre nye. Isabella interesserte seg nøye for krigens gjennomføring og ser ut til å ha vært ansvarlig for forbedrede leveringsmetoder og for opprettelsen av et militærsykehus. I 1491 opprettet hun og Ferdinand et hovedkvarter i Santa Fe, nær det endelige målet, og der ble de til Granada falt 2. januar 1492.
Mens hun var i Santa Fe, var det en annen begivenhet som dronningen skulle bli personlig assosiert var i ferd med å bli, for Columbus besøkte henne der for å hente støtte til reisen som skulle resultere i den europeiske bosetningen Amerika. Selv om historien om hennes tilbud om å love sine juveler for å finansiere ekspedisjonen ikke kan aksepteres, og Columbus bare sikret seg begrenset økonomisk støtte fra henne, må Isabella og hennes rådmenn få kreditt for å ha tatt beslutningen om å godkjenne den betydningsfulle reisen. Betingelsene som ekspedisjonen skulle legge ut for å oppdage en ny rute til India ble utarbeidet 17. april 1492. Den nye verden som ble utforsket som et resultat av denne avgjørelsen, ble med pavelig bekreftelse vedlagt kronen av Castilla, i samsvar med eksisterende praksis med hensyn til slike tidligere Atlanterhavsfunn som Kanariøyene.
Dronningen og hennes rådgivere trengte knapt Columbus for å minne dem om muligheten som nå tilbys for spredning av kristendommen. Likevel brakte de uventede oppdagelsene raskt nye problemer til Isabella, ikke minst forholdet mellom de nylig oppdagede «indianerne» og kronen til Castile. Dronningen og hennes rådmenn var mer villige til å anerkjenne indianernes rettigheter enn Columbus var. hun beordret at noen av dem han hadde ført tilbake som slaver skulle løslates. Dronningen var fortsatt opptatt av disse problemene da hun døde i 1504.
I mellomtiden, i 1480, var inkvisisjonen opprettet i Andalusia. Det er liten tvil om at dette representerte kulminasjonen av en lang og populær bevegelse mot ikke-kristne og tvilsomme konvertitter, som ofte hadde manifestert seg i senmiddelalderen i Castilla. Utvisningen i 1492 av de jødene som nektet konvertering var det logiske resultatet av etableringen av inkvisisjonen.Likevel, uansett hvor verdifull utvisningen måtte ha virket på den tiden, for å oppnå større religiøs og politisk enhet, dømt av dens økonomiske konsekvenser alene, var tapet av dette verdifulle elementet i det spanske samfunnet en alvorlig feil.
Det er vanskelig å fjerne Isabellas personlige ansvar for prestasjonene fra hennes regjeringstid fra Ferdinands. Men utvilsomt spilte hun en stor rolle i å etablere retten som et sentrum for innflytelse. Med de blå øynene, det lyse eller kastanje håret og juvelene og fantastiske kjolene, må hun ha laget en slående figur. Samtidig ble skjermen matchet med en religiøs følelse. Hennes valg av åndelige rådgivere brakte frem forskjellige og bemerkelsesverdige menn som Hernando de Talavera og kardinal Cisneros. En politikk for å reformere de spanske kirkene hadde begynt tidlig på 1400-tallet, men bevegelsen samlet seg bare under Isabella og Talavera. Da Talavera i 1492 ble erkebiskop i Granada, ble hans plass ved dronningens side inntatt av Cisneros, for hvem monarkene sikret den avgjørende stillingen som erkebiskop av Toledo i 1495. Monarkene var interessert i reformen av det sekulære presteskapet og enda mer i ordre fra munker, broder og nonner; Isabella interesserte seg spesielt for reformen av de fattige Clares, en orden av franciskanske nonner. Selv om det fortsatt var mye å gjøre da hun døde, hadde herskerne og Cisneros sammen gått langt for å nå sine mål.
Selv om Isabella var intenst from og ortodoks i sin tro og fikk med Ferdinand tittelen de «katolske kongene» av pave Alexander VI, kunne hun være både imperious og pertinacious i sin omgang med pavedømmet. Dette gjaldt spesielt da hun trodde paven gjorde dårlige avtaler til spanske fordeler eller på noen måte inngrep i de vanlige rettighetene til Kronen over de spanske kirkene. For eksempel for det ledige stedet for Cuenca i 1478 avviste hun den italienske kardinalen som ble utnevnt av paven, som fire år senere aksepterte sin alternative spanske kandidat. Deretter avviste hun vellykket forslaget om at paveens nevø skulle ble erkebiskop i Sevilla. I et forsøk på å kontrollere avtaler til Castilianske ser, ble Isabella ikke bare inspirert av nasjonale følelser. Hun søkte også kandidater med høy stilling ARDS; Bedømt av hennes valg av menn som Talavera og Cisneros, var Isabella bemerkelsesverdig effektiv i å nå sitt mål.
Isabella var nesten like interessert i utdanning som hun var i religion. Etter at hun nådde 30 år tilegnet hun seg ferdigheter i latin. Ved retten oppmuntret hun slike bemerkelsesverdige lærde som Pietro Martire d’Anghiera, som hun opprettet som leder for en ny palassskole for adelssønnene. Naturligvis var mange av de fremragende litterære verkene i hennes regjeringstid, som Antonio de Nebrijas Gramática Castellana (1492; «Castilian Grammar»), viet til henne. Hun var også skytshelgen for spanske og flamske kunstnere, og en del av hennes omfattende samling. av bilder overlever.
Det siste tiåret av hennes styre fant sted på bakgrunn av familiens sorger forårsaket av dødsfallet til hennes eneste sønn og arving, Juan (1497), av datteren Isabella, dronningen av Portugal. , i fødsel (1498), og av barnebarnet Miguel (1500), som kanskje hadde ført til en personlig union mellom Spania og Portugal. I stedet ble datteren Joan, hustru til Filip I og mor til den hellige romerske keiseren Karl V, arvingen av Castile. Dette ga imidlertid dronningen liten trøst fordi Joan allerede i 1501 hadde vist tegn på den mentale ubalansen som senere skulle gi henne tittelen «den gale.»
En av prestasjonene av Isabellas siste tiår var utvilsomt suksessen som hun og Ferdinand, som handlet på hennes initiativ, utvidet sin autoritet over militærordrene til Alcántara, Calatrava og Santiago, og ga dermed kronen kontroll over deres enorme eiendom og protektion. Disse ordrene hadde blitt utnyttet for lenge av adelen og var gjenstand for intens rivalisering blant de som søkte å bli valgt til mester for en eller annen av dem. I 1487 ble Ferdinand stormester i Calatrava, og innen 1499 hadde han skaffet seg de store mesterskapene i Alcántara og Santiago. Med erobringen av Granada hadde ordrenes hovedarbeid blitt utført, og en prosess som forutsa deres endelige opptak i kronen, var logisk og fornuftig. Gjennom sin lange regjeringstid forsøkte Isabella også å styrke kongelig autoritet på bekostning av Cortes (det spanske parlamentet) og byene.