Kathmandu ble grunnlagt av John Pawson og Jan Cameron i 1987 etter salget av ALP Sports Clothing-merket. Selskapet opprettet sine første butikker i Australia mens de produserte det meste av sitt originale klesutvalg i New Zealand. Bernard Wicht, eier av Alpine Accoutrements, hadde vært hovedprodusent for ALP Sports, men fortsatte å produsere for Kathmandu og inngikk også et samarbeid med Penny Hazard for å etablere Bivouac-butikkjeden i New Zealand. I 1992 reiste Kathmandu, etter å ha etablert en sterk virksomhet i Australia (med butikker i Sydney, Melbourne, Brisbane og Canberra) på nytt på det newzealandske detaljhandelsmarkedet, og kjøpte Alps Sports fra mottakerne og hentet Bernard Wicht inn som tredje aksjonær som ble med i de to eksisterende aksjonærer John Pawson og Jan Cameron.
Selskapet ble i 2006 kjøpt fullt ut av et australasisk private equity-selskap for NZ $ 275 millioner, etter at Cameron tidligere hadde solgt den andre halvdelen av virksomheten. Wicht var eier av både Fairydown og Macpac-merkevarene frem til 2015.
Kathmandu ble notert på de australske og New Zealand-børsene i november 2009. Fra 2017 er Kathmandu navnerett sponsor for Coast to Coast løp i New Zealand.
Kathmandu kunngjorde kjøpet av Oboz Footwear i mars 2018. Oboz er et utendørs fottøymerke basert i Montana, USA, som deler lignende verdier av bærekraft og produktinnovasjon med Kathmandu, som indikert av Obozs støtte til veldedige organisasjoner som Trees for the Future og Small Woods, som begge tar til orde for bærekraftig skogbruk.
I februar 2019 lanserte Kathmandu en ny innholdsserie i samarbeid med National Geographic, Eco Traveler. Serien utforsker miljøvennlig reise og bærekraftig turisme. Eco Traveler er vert for Nick Saxon fra National Geographic.
I oktober 2019 kunngjorde Kathmandu at de hadde inngått en bindende avtale om å kjøpe 100% av det australske surfemerket Rip Krølle for A $ 350m.