Morales intervjuer Jill Biden i Det hvite hus i 2016.
Etter college jobbet Morales i Chase Bank før hun fulgte sin journalistiske karriere. Hun startet sin luftkarriere på News 12 – The Bronx som det første morgenankeret under News 12 – The Bronxs første nyhetsdirektør Roberto Soto, og originale studioregissører Tom D’Elia, Brian Webb, Darryl Stith og David Rein. . Hun fungerte også som kameraoperatør, redaktør og produsent for det nettverket.
Morales fortsatte som helgeanker / reporter og formiddaganker på WVIT-TV i Hartford, Connecticut, hvor hun rapporterte om skuddene i Columbine, orkanen Floyd, presidentvalget 2000 og angrepene 11. september 2001. Hun var også med og rapporterte for den Emmy-nominerte dokumentaren Save Our Sound, en fellesproduksjon med WNBC om å bevare Long Island Lyd. I 1999 ble hun kåret til en av de 50 mest innflytelsesrike latinene for nyhetsdekning og rapporter fra den spanske dagsavisen El Diario La Prensa. Tidligere brukte Morales to år på å jobbe bak kulissene på Court TV.
Morales var anker og korrespondent for MSNBC fra 2002 til 200 6. Hun dekket en rekke store nyhetshistorier der, inkludert presidentvalget i 2004, sommer-OL 2004 i Athen, Hellas, det irakiske fangemishandlingen, Operation Iraqi Freedom, Space Shuttle Columbia-katastrofen, Northeast Blackout i 2003, Beltway 2002 skarpskyteangrep og etterforskning og rettssak mot Scott Peterson. I tillegg ble hun kåret til en av Hispanic Magazine’s Top Trendsetters i 2003.
Morales ble med i Today-showet i 2006 som nasjonal korrespondent, og ble utnevnt til medforanker for showets tredje time i mars 2008. 9. mai 2011 ble det kunngjort at Morales ville erstatte Ann Curry som nyhetsanker for Today, da Curry etterfulgte Meredith Vieira som programleder for Today i juni 2011. I 2016 ble det kunngjort at Morales ville flytte vestover for å være vert for Access og bli Today Show West Anchor. I 2019 gikk Morales bort fra å være vert for Access og fortsatte som Today Show West Coast-ankeret.