Komplikasjoner inkluderer «gassoppblåst syndrom», dysfagi (problemer med å svelge), dumping syndrom, overdreven arrdannelse, vagus nerveskade og sjelden akalasi. Fundopliseringen kan også angres over tid i omtrent 5-10% av tilfellene, noe som fører til tilbakefall av symptomer. Hvis symptomene berettiger en gjentatt operasjon, kan kirurgen bruke Marlex eller en annen form for kunstig nett for å styrke forbindelsen. Postoperativ irritabel tarmsyndrom, som varer i omtrent 2 uker, er mulig.
Ved «gassoppblåst syndrom» kan fundoplisering endre mageens mekaniske evne til å eliminere svelget luft ved raping, noe som fører til en akkumulering av gass i magen eller tynntarmen. Data varierer, men en viss grad av gassoppblåsthet kan forekomme hos så mange som 41% av Nissen-pasientene, mens forekomsten er mindre hos pasienter som gjennomgår delvis fremre fundoplisering. Gas bloat syndrom er vanligvis selvbegrensende innen 2 til 4 uker, men i noen kan det vedvare. Den fornærmende gassen kan også komme fra kostholdskilder (spesielt kullsyreholdige drikker) eller ufrivillig svelging av luft (aerofagi). Hvis postoperativt gassoppblåstesyndrom ikke løser seg med tiden, kan kostholdsbegrensninger, rådgivning angående aerofagi og korreksjon – enten ved endoskopisk ballongdilatasjon eller gjentatt kirurgi for å revidere Nissen-fundoplikasjonen til en delvis fundoplikasjon – være nødvendig.
Oppkast er noen ganger umulig eller, hvis ikke, veldig smertefullt etter en fundoplisering, med sannsynligheten for at denne komplikasjonen vanligvis avtar i månedene etter operasjonen. I noen tilfeller er formålet med denne operasjonen å korrigere overdreven oppkast. Opprinnelig er oppkast umulig; imidlertid kan små mengder oppkast produseres etter at innpakningen har lagt seg over tid, og i ekstreme tilfeller som alkoholforgiftning eller matforgiftning, kan pasienten være i stand til å kaste opp fritt med en viss mengde smerte.