Paris-myndighetene valgte et lett tilgjengelig sted som på den tiden lå utenfor hovedstaden: de tidligere Tombe-Issoire-steinbruddene under Montrougesletten. I gang siden minst det femtende århundre og deretter forlatt, var disse steinbruddene en liten del av labyrinten som strakte seg over byen over omtrent 800 hektar. Forberedelse av nettstedet og organisering av beinoverføringer ble betrodd Charles Axel Guillaumot, en inspektør ved Department of General Quarry Inspection. Oppdraget til denne avdelingen, som ble grunnlagt 4. april 1777 av Louis XVI, var å konsolidere de forlatte steinbruddene etter store sammenbrudd i bakken under Paris i midten av det attende århundre.
De første evakueringene ble gjort fra 1785 til 1787 og gjaldt den største kirkegården i Paris, Saints-Innocents kirkegård, som hadde blitt stengt i 1780 etter påfølgende bruk i nesten ti århundrer. Gravene, vanlige graver og karnellhuset ble tømt for beinene, som ble transportert om natten for å unngå fiendtlige reaksjoner fra den parisiske befolkningen og kirken. Benene ble dumpet i to steinbrønner og deretter distribuert og stablet inn i galleriene av steinbruddarbeiderne. Overføring fortsatte etter den franske revolusjonen til 1814, med undertrykkelse av parochiale kirkegårder, som Saint-Eustache, Saint-Nicolas-des-Champs og Bernardins-klosteret, i sentrum av Paris. De ble påbegynt igjen i 1840, under byrenovering av Louis-Philippe og den haussmannske omkonfigurasjonen av byen fra 1859 til 1860. Nettstedet ble innviet som «Paris Municipal Ossuary» 7. april 1786, og fra den tiden fremover tok på seg det mytiske navnet «Catacombs», med henvisning til de romerske katakombene, som hadde fascinert publikum siden oppdagelsen.
Fra og med 1809 ble katakombene åpnet for publikum etter avtale. Et register ble plassert på slutten av kretsen, der besøkende kunne skrive sine inntrykk. Den ble fylt veldig raskt fordi disse besøkene raskt hadde blitt en suksess for både franskmenn og utlendinger. Etter hvert som årene gikk, ble beinbenet hvilestedet for mange berømte individer. I 1787 besøkte greven av Artois, den fremtidige Charles X, nettstedet i selskap med en gruppe hoffdamer; i 1814 tok Frans I, den østerrikske keiseren, en omvisning der; og i 1860 sank Napoleon III ned i katakombene med sønnen.
I løpet av det nittende århundre endret besøksarrangementet seg konstant, fra total stenging til månedlige eller kvartalsvise åpninger. Paris katakomber er nå åpne for alle uten å kreve autorisasjon og ønsker nesten 550 000 besøkende velkommen hvert år.