Komplikationen sind „Gas-Bloat-Syndrom“, Dysphagie (Schluckbeschwerden), Dumping-Syndrom, übermäßige Narbenbildung, Vagusnervenverletzung und selten Achalasie. Die Fundoplikatio kann in etwa 5–10% der Fälle auch im Laufe der Zeit rückgängig gemacht werden, was zu einem erneuten Auftreten der Symptome führt. Wenn die Symptome eine wiederholte Operation rechtfertigen, kann der Chirurg Marlex oder eine andere Form eines künstlichen Netzes verwenden, um die Verbindung zu stärken. Ein postoperatives Reizdarmsyndrom, das ungefähr 2 Wochen anhält, ist möglich.
Beim „Gas-Bloat-Syndrom“ kann eine Fundoplikatio die mechanische Fähigkeit des Magens verändern, verschluckte Luft durch Aufstoßen zu beseitigen, was zu einer Ansammlung von Gas im Magen oder Dünndarm. Die Daten variieren, aber bei bis zu 41% der Nissen-Patienten kann ein gewisses Maß an Blähungen auftreten, während das Auftreten bei Patienten mit partieller anteriorer Fundoplikatio geringer ist. Das Gas-Bloat-Syndrom ist normalerweise innerhalb von 2 bis 4 Wochen selbstlimitierend, kann jedoch in einigen Fällen bestehen bleiben. Das störende Gas kann auch aus Nahrungsquellen (insbesondere kohlensäurehaltigen Getränken) oder unwillkürlichem Verschlucken von Luft (Aerophagie) stammen. Wenn sich das postoperative Gas-Bloat-Syndrom nicht mit der Zeit bessert, können diätetische Einschränkungen, Beratung in Bezug auf Aerophagie und Korrektur – entweder durch endoskopische Ballondilatation oder wiederholte Operation zur Umstellung der Nissen-Fundoplikatio auf eine partielle Fundoplikatio – erforderlich sein.
Erbrechen ist nach einer Fundoplikatio manchmal unmöglich oder, wenn nicht, sehr schmerzhaft, wobei die Wahrscheinlichkeit dieser Komplikation typischerweise in den Monaten nach der Operation abnimmt. In einigen Fällen besteht der Zweck dieser Operation darin, übermäßiges Erbrechen zu korrigieren. Erbrechen ist zunächst nicht möglich; Es können jedoch geringe Mengen an Erbrochenem entstehen, nachdem sich die Verpackung im Laufe der Zeit gesetzt hat, und in extremen Fällen wie Alkoholvergiftung oder Lebensmittelvergiftung kann der Patient möglicherweise mit einigen Schmerzen frei erbrechen.