Powikłania obejmują „zespół wzdęcia gazowego”, dysfagię (problemy z przełykaniem), zespół wysypki, nadmierne blizny, uszkodzenie nerwu błędnego i rzadko achalazję. Fundoplikacja może również ustąpić z czasem w około 5–10% przypadków, prowadząc do nawrotu objawów. Jeśli objawy uzasadniają powtórną operację, chirurg może zastosować Marlex lub inną formę sztucznej siatki w celu wzmocnienia połączenia. Możliwy jest pooperacyjny zespół jelita drażliwego, który utrzymuje się przez około 2 tygodnie.
W „zespole wzdęcia gazowego” fundoplikacja może zmienić mechaniczną zdolność żołądka do usuwania połkniętego powietrza przez odbijanie, prowadząc do gromadzenia się gaz w żołądku lub jelicie cienkim. Dane są różne, ale pewien stopień wzdęcia może wystąpić nawet u 41% pacjentów z Nissenem, podczas gdy u pacjentów poddawanych częściowej fundoplikacji przedniej występuje rzadziej. Zespół wzdęcia gazowego zwykle ustępuje samoistnie w ciągu 2 do 4 tygodni, ale w niektórych przypadkach może się utrzymywać. Atakujący gaz może również pochodzić ze źródeł pokarmowych (zwłaszcza napojów gazowanych) lub mimowolnego połykania powietrza (aerofagia). Jeśli pooperacyjny zespół wzdęcia gazów nie ustąpi z czasem, konieczne mogą być ograniczenia dietetyczne, poradnictwo dotyczące aerofagii i korekta – przez endoskopowe rozszerzenie balonu lub powtórna operacja w celu zmiany fundoplikacji Nissena na częściową fundoplikację.
Wymioty są czasami niemożliwe lub, jeśli nie, bardzo bolesne po fundoplikacji, a prawdopodobieństwo tego powikłania zwykle zmniejsza się w kilka miesięcy po operacji. W niektórych przypadkach celem tej operacji jest skorygowanie nadmiernych wymiotów. Początkowo wymioty są niemożliwe; jednak po pewnym czasie mogą pojawić się niewielkie ilości wymiotów, aw skrajnych przypadkach, takich jak zatrucie alkoholem lub pokarmem, pacjent może swobodnie wymiotować z pewnym bólem.