W pewnym sensie termin „genotyp” – podobnie jak termin „genom” – odnosi się do całego zestawu genów w komórkach organizmu. Jednak w węższym sensie może odnosić się do różnych alleli lub odmian wariantów genu dla określonych cech lub cech. Genotyp organizmu różni się od jego fenotypu, który jest obserwowalnymi cechami osobnika, wynikającymi z interakcji między genotypem a środowiskiem.
Istnieje złożony związek między genotypem a fenotypem. Ponieważ fenotyp jest wynikiem interakcji między genami a środowiskiem, różne środowiska mogą prowadzić do różnych cech u osobników o określonym genotypie.
Ponadto różne genotypy mogą prowadzić do tego samego fenotypu. Dzieje się tak, ponieważ geny mają różne allele. W przypadku niektórych genów i cech pewne allele są dominujące, a inne recesywne. Cechą dominującą jest taka, która pojawia się u osobnika, nawet jeśli osoba ma tylko jeden allel „>, który wytwarza tę cechę.
Niektóre aspekty oka kolor działa w ten sposób. Na przykład oczy brązowe dominują nad oczami niebieskimi. Dzieje się tak, ponieważ pigment zwany melaniną daje brązowy kolor, podczas gdy brak pigmentu prowadzi do niebieskich oczu. Wystarczy jeden allel dla ciemnego pigmentu, masz brązowe oczy. Istnieje kilka różnych pigmentów, które wpływają na kolor oczu, a każdy z nich pochodzi z określonego genu. To jest powód, dla którego ludzie mogą mieć zielone oczy, orzechowe oczy lub każdy inny kolor oczu oprócz niebieskiego lub brązowego .
Podczas omawiania genotypu biolodzy używają wielkich liter do oznaczenia dominujących alleli, a małych liter do alleli recesywnych. Na przykład „B” oznacza brązowy allel, a „b” oznacza dla niebieskiego allelu. Mówi się, że organizm z dwoma dominującymi allelami dla cechy ma homozygotyczny dominujący genotyp. Na przykładzie koloru oczu ten genotyp jest zapisywany jako BB. Mówi się, że organizm z jednym dominującym allelem i jednym recesywnym allelem ma heterozygotyczny genotyp. W naszym przykładzie ten genotyp jest zapisany jako Bb. Wreszcie, genotyp organizmu z dwoma recesywnymi allelami nazywany jest homozygotycznym recesywnym. W przykładzie koloru oczu ten genotyp jest zapisany jako bb.
Z tych trzech genotypów tylko bb, genotyp homozygotyczny recesywny, będzie dawał fenotyp oczu niebieskich. Zarówno genotyp heterozygotyczny, jak i dominujący homozygotyczny będą dawać brązowe oczy, chociaż tylko genotyp heterozygotyczny może przekazywać gen dla oczu niebieskich.
Homozygotyczne dominujące, homozygotyczne recesywne i heterozygotyczne genotypy odpowiadają tylko za niektóre geny i niektóre cechy. Większość cech jest w rzeczywistości bardziej złożona, ponieważ wiele genów ma więcej niż dwa allele, a wiele alleli oddziałuje na siebie w złożony sposób.