Zderzenia z kometami i asteroidami
W 1994 roku odkryta rok wcześniej kometa Shoemaker-Levy 9 uderzyła w atmosferę Jowisza po rozbiciu na więcej niż 20 fragmentów. Kolejne eksplozje były obserwowane przez teleskopy na powierzchni Ziemi, orbitujący wokół Ziemi Kosmiczny Teleskop Hubble’a i sondę Galileo w drodze na Jowisza. Tylko Galileusz widział eksplozje bezpośrednio, ponieważ miały one miejsce na tylnej stronie Jowisza widzianego z Ziemi. Niemniej jednak kule ognia wytwarzane przez największe fragmenty unosiły się ponad kończynami planety, a powstałe w ten sposób czarne smugi w warstwach chmur Jowisza były widoczne nawet w małych teleskopach, gdy obrót Jowisza wprowadził je w pole widzenia. Badania spektroskopowe ujawniły, że uderzenia spowodowały lub dostarczyły wiele chemikaliów, takich jak woda, cyjanowodór i tlenek węgla, które istnieją na Jowiszu, ale w znacznie mniejszych stężeniach. Nadmiar tlenku węgla i cyjanowodoru pozostał wykrywalny w górnej atmosferze kilka lat po zdarzeniu. Oprócz tego, że zderzenie komety z Jowiszem jest nieodłącznym przedmiotem zainteresowania, było bodźcem do szczegółowych badań skutków, jakie uderzenia komety miałyby na Ziemi (patrz zagrożenie uderzeniem w Ziemię).
W 2009 roku w pobliżu bieguna południowego Jowisza pojawiła się ciemna plama podobna do tej pozostawionej przez fragmenty komety Shoemaker-Levy 9. Ponieważ zaobserwowano tylko jedno miejsce, sądzono, że uderzające ciało było pojedynczym ciałem – kometą lub asteroidą – a nie łańcuchem fragmentów.