Uważa się, że w latach osiemdziesiątych XIX wieku w Paryżu Palais Garnier Opera House nawiedzała istota znana jako Upiór w Operze lub po prostu Duch Opery. Odnaleziono scenicznego imieniem Joseph Buquet powieszonego, bez pętli na jego szyi.
Na uroczystym przedstawieniu z okazji przejścia na emeryturę dwojga menedżerów opery, młoda, mało znana szwedzka sopranistka Christine Daaé, zostaje wezwana do zaśpiewania zamiast czołowego sopranu opery, Carlotta, która jest chora, a występ Christine jest zdumiewającym sukcesem. Obecny na przedstawieniu Vicomte Raoul de Chagny rozpoznaje ją jako towarzyszkę zabaw z dzieciństwa i wspomina o jego miłości do niej. Próbuje odwiedzić ją za kulisami, gdzie słyszy, jak mężczyzna komplementuje ją z wnętrza jej garderoby. Kiedy Christine wychodzi, bada pokój i okazuje się, że jest pusty.
W Perros-Guirec Christine spotyka się z Raoulem, który rozmawia z nią o głosie, który usłyszał w jej pokoju. Christine mówi mu, że była wychowywana przez Anioła Muzyki, o którym opowiadał im jej ojciec. Kiedy Raoul sugeruje, że mogła paść ofiarą żartu, ucieka. Christine odwiedza grób swojego ojca pewnej nocy, gdzie pojawia się tajemnicza postać i gra dla niej na skrzypcach. Raoul próbuje się z nią zmierzyć, ale zostaje zaatakowany i znokautowany w trakcie.
W Palais Garnier, nowi menedżerowie otrzymują list od Upiora, w którym żądają, aby pozwolili Christine na odegranie głównej roli Marguerite w Faust i pozostawienie skrzynki 5 pustej na jego użytek, aby nie wystąpili w domu, na którym jest zaklęty. Menedżerowie zakładają, że jego żądania są żartem i ignorują je, co ma tragiczne konsekwencje, gdy Carlotta rechocze jak ropucha, a żyrandol nagle spada na widownię, zabijając widza. Upiór, po porwaniu Christine z jej garderoby, ujawnia się jako zdeformowany mężczyzna imieniem Erik.
Erik zamierza trzymać swojego więźnia z nim w swoim legowisku przez kilka dni. Jednak ona powoduje, że zmienia plany, kiedy go zdemaskuje i, ku przerażeniu obu, oto jego twarz bez nosa, z zapadniętymi oczami, która przypomina czaszka wysychała przez wieki. Obawiając się, że go opuści, postanawia ją zatrzymać na stałe, ale kiedy Christine prosi o zwolnienie po dwóch tygodniach, zgadza się pod warunkiem, że nosi jego pierścionek i będzie mu wierna.
Na dachu Opera, Christine mówi Raoulowi o swoim porwaniu i każe Raoulowi obiecać, że zabierze ją do miejsca, w którym Erik nigdy jej nie znajdzie, nawet jeśli będzie się opierać. Raoul mówi Christine, że następnego dnia spełni swoją obietnicę, na co ona się zgadza. Jednak Christine współczuje Erikowi i postanawia zaśpiewać dla niego ostatni raz jako sposób na pożegnanie. Bez wiedzy Christine i Raoula, Erik obserwował ich i podsłuchał całą ich rozmowę.
Następnej nocy rozwścieczony i zazdrosny Erik porywa Christine podczas produkcji Fausta i próbuje zmusić ją do poślubienia go. Raoul jest prowadzony przez tajemniczego bywalca Opery, znanego tylko jako „Pers”, do sekretnej kryjówki Erika głęboko w trzewiach Opery. Mimo to zostają uwięzieni w lustrzanym pokoju przez Erika, który grozi, że jeśli Christine się na to nie zgodzi poślubić go, zabije ich i wszystkich w Operze za pomocą materiałów wybuchowych.
Christine zgadza się poślubić Erika. Erik początkowo próbuje utopić Raoula i Persa, używając wody, która została użyta do zmoczenia Mimo to Christine błaga i oferuje, że zostanie jego „żyjącą narzeczoną”, obiecując mu, że nie zabije się po tym, jak została jego żoną, ponieważ właśnie próbowała popełnić samobójstwo. Erik ostatecznie wypuszcza Raoula i Persa ze swojej sali tortur.
Kiedy Erik jest sam na sam z Christine, unosi maskę, by pocałować ją w czoło i w końcu otrzymuje z powrotem całusa. Erik ujawnia, że nigdy nikogo nie całował, w tym swojej własnej matki, która uciekłaby, gdyby kiedykolwiek próbował ją pocałować, ogarnia go wzruszenie, wtedy on i Christine płaczą razem, a ich łzy „mieszają się”. Trzyma go również za rękę i mówi: „Biedny, nieszczęśliwy Erik”, co sprowadza go do „psa gotowego za nią umrzeć”.
Pozwala Persowi i Raoulowi uciec, choć nie wcześniej niż obiecała Christine, że odwiedzi go w dniu jego śmierci i zwróci jej złoty pierścień, który jej dał. Obiecuje również Persowi, że potem pójdzie do gazety i zgłosi swoją śmierć, ponieważ wkrótce umrze z miłości.
Rzeczywiście, jakiś czas później Christine wraca do legowiska Erika, i na jego prośbę chowa go w miejscu, gdzie nigdy go nie znajdzie, i zwraca złoty pierścionek. Następnie lokalna gazeta publikuje prostą notatkę: „Erik nie żyje.” Christine i Raoul uciekają razem, nigdy nie wracając.
Epilog łączy w całość fragmenty „życia Erika”, informacje, które „narrator” uzyskał od Persa. Okazuje się, że Erik był synem właściciela firmy budowlanej, zdeformowanym po urodzeniu.Uciekł ze swojej rodzinnej Normandii, aby pracować na targach i karawanach, uczyć się sztuki cyrkowej w Europie i Azji, a ostatecznie budował oszałamiające pałace w Persji i Turcji. W końcu wrócił do Francji i założył własną firmę budowlaną. Po tym, jak został podwykonawcą do pracy przy fundamentach Palais Garnier, Erik dyskretnie zbudował sobie legowisko, w którym mógł zniknąć, wraz z ukrytymi przejściami i innymi sztuczkami, które pozwoliły mu szpiegować menedżerów.