Die Pariser Behörden wählten einen leicht zugänglichen Standort, der sich zu dieser Zeit außerhalb der Hauptstadt befand: die ehemaligen Tombe-Issoire-Steinbrüche unter der Ebene von Montrouge. Diese Steinbrüche, die seit mindestens dem 15. Jahrhundert in Betrieb waren und dann aufgegeben wurden, waren ein kleiner Teil des Labyrinths, das sich unter der Stadt über etwa 800 Hektar erstreckte. Die Vorbereitung des Standorts und die Organisation der Knochentransfers wurden Charles Axel Guillaumot, einem Inspektor der Abteilung für allgemeine Steinbruchinspektion, übertragen. Die Mission dieser Abteilung, die am 4. April 1777 von Ludwig XVI. Gegründet worden war, bestand darin, die verlassenen Steinbrüche nach einem größeren Einsturz des Bodens unter Paris Mitte des 18. Jahrhunderts zu konsolidieren.
Die ersten Evakuierungen wurden von 1785 bis 1787 durchgeführt und betrafen den größten Friedhof in Paris, den Saints-Innocents-Friedhof, der 1780 nach fast zehn Jahrhunderten aufeinanderfolgender Nutzung geschlossen worden war. Die Gräber, gemeinsamen Gräber und das Beinhaus wurden von ihren Knochen befreit, die nachts transportiert wurden, um feindlichen Reaktionen der Pariser Bevölkerung und der Kirche zu entgehen. Die Knochen wurden in zwei Steinbruchbrunnen abgeladen und dann von den Steinbrucharbeitern verteilt und in die Galerien gestapelt. Nach der Französischen Revolution wurden die Übertragungen bis 1814 fortgesetzt, wobei Pfarrfriedhöfe wie Saint-Eustache, Saint-Nicolas-des-Champs und das Bernardins-Kloster im Zentrum von Paris unterdrückt wurden. Sie wurden 1840 während der Stadterneuerung durch Louis-Philippe und der Haussmannschen Umgestaltung der Stadt von 1859 bis 1860 erneut begonnen. Der Ort wurde am 7. April 1786 als „Pariser Beinhaus“ geweiht und von diesem Zeitpunkt an nahm den mythischen Namen „Katakomben“ an, in Anlehnung an die römischen Katakomben, die die Öffentlichkeit seit ihrer Entdeckung fasziniert hatten.
Ab 1809 wurden die Katakomben nach Vereinbarung der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Am Ende der Strecke wurde ein Register aufgestellt, in das die Besucher ihre Eindrücke schreiben konnten. Es wurde sehr schnell gefüllt, weil diese Besuche sowohl bei den Franzosen als auch bei den Ausländern schnell zu einem Erfolg geworden waren. Im Laufe der Jahre wurde das Beinhaus zur Ruhestätte vieler berühmter Persönlichkeiten. 1787 besuchte der Graf von Artois, der zukünftige Karl X., das Gelände in Begleitung einer Gruppe von Hofdamen; 1814 unternahm der österreichische Kaiser Franz I. eine Tournee dorthin; und 1860 stieg Napoleon III. mit seinem Sohn in die Katakomben hinab.
Während des neunzehnten Jahrhunderts änderten sich die Besuchsregelungen ständig, von der vollständigen Schließung bis zu monatlichen oder vierteljährlichen Eröffnungen. Die Pariser Katakomben sind jetzt ohne Genehmigung für alle zugänglich und begrüßen jährlich fast 550.000 Besucher.