Regering
När Henry dog var Isabella i Segovia, vilket var säkrat för hennes anspråk. Hon fick stöd av en viktig grupp av kastilianska adelsmän, inklusive kardinal Pedro González de Mendoza, konstabel Castilla (en Velasco) och admiralen (en Enríquez), som var släkt med Ferdinands mor. Den motsatta fraktionen, som framförde motkraven från Joan, inkluderade ärkebiskopen i Toledo; en tidigare supporter, befälhavaren i Calatrava (en inflytelserik militär ordning); och de mäktiga unga markiserna de Villena. De fick stöd av Afonso V i Portugal, som skyndade sig att invadera Castilla och förlovade sig där med Joan. De första fyra åren av Isabellas regering ockuperades således av ett inbördeskrig, som slutade i nederlag för hennes kastilianska motståndare och för den portugisiska kungen (24 februari 1479). Vid död av Johannes II av Aragon samma år kom kungariket Castilla och Aragon samman i deras regerare.
Spanien framträdde som ett enat land, men det dröjde länge innan denna personliga union skulle leda till effektiv politisk enande. Ferdinand gjorde verkligen Isabella i sin första testamente (1475) till sin arving i Aragonien och förklarade öppet de fördelar som hans undersåtar skulle få från unionen med Castilla. Men varje kungarike fortsatte att styras enligt sina egna institutioner. De två suveräna var verkligen enade i att sträva efter att avsluta den långa processen med Reconquista genom att ta över kungadömet Granada – det sista muslimska fäste i Spanien. Till slut visade sig dock erövringen (som började 1482) svår och dras ut, och det ansträngde Castiliens ekonomi. Även om några av funktionerna i kampanjen var medeltida (som stridsordningen), var andra nya. Isabella intresserade sig mycket för krigets genomförande och verkar ha varit ansvarig för förbättrade leveransmetoder och för upprättandet av ett militärsjukhus. År 1491 inrättade hon och Ferdinand ett främre huvudkontor i Santa Fe, nära deras slutgiltiga mål, och där stannade de tills Granada föll den 2 januari 1492.
Medan hon var i Santa Fe en annan händelse med vilken drottningen skulle bli personligt associerad var i början, för Columbus besökte henne där för att få stöd för resan som skulle resultera i den europeiska bosättningen i Amerika. Även om berättelsen om hennes erbjudande att lova sina juveler för att hjälpa till att finansiera expeditionen inte kan accepteras, och Columbus bara har fått begränsat ekonomiskt stöd från henne, måste Isabella och hennes rådsmedlemmar få kredit för att de fattat beslutet att godkänna den betydelsefulla resan. Villkoren för expeditionen för att upptäcka en ny väg till Indien upprättades den 17 april 1492. Den nya världen som undersöktes som ett resultat av detta beslut, med påvlig bekräftelse, bifogades kronan till Kastilien, i enlighet med befintlig praxis med avseende på tidigare Atlantiska upptäckter som Kanarieöarna.
Drottningen och hennes rådgivare behövde knappast Columbus för att påminna dem om den möjlighet som nu erbjuds för att sprida kristendomen. Ändå förde de oväntade upptäckterna snabbt nya problem till Isabella, inte minst var förhållandet mellan de nyupptäckta ”indianerna” och kronan på Castilla. Drottningen och hennes rådsmedlemmar var mer redo att erkänna indianernas rättigheter än Columbus var. hon beordrade att några av dem som han hade återfört som slavar skulle släppas. Drottningen var fortfarande bekymrad över dessa problem när hon dog 1504.
Under 1480 hade inkvisitionen upprättats i Andalusien. Det råder liten tvivel om att detta representerade kulmen på en lång och populär rörelse mot icke-kristna och tvivelaktiga omvända, som ofta hade manifesterat sig i slutet av medeltiden i Castilla. Utvisningen 1492 av de judar som vägrade omvändelse var det logiska resultatet. av inrättandet av inkvisitionen.Ändå, hur förtjänstfull utvisningen kan ha verkat vid den tiden för att uppnå större religiös och politisk enhet, bedömd endast av dess ekonomiska konsekvenser, var förlusten av detta värdefulla element i det spanska samhället ett allvarligt misstag.
Det är svårt att avskilja Isabellas personliga ansvar för regeringens prestationer från Ferdinands. Men utan tvekan spelade hon en stor roll för att etablera domstolen som ett centrum för inflytande. Med sina blå ögon, hennes ljusa eller kastanjebruna hår och sina juveler och magnifika klänningar måste hon ha gjort en slående figur. Samtidigt matchades displayen med en religiös känsla. Hennes val av andliga rådgivare tog fram så olika och anmärkningsvärda män som Hernando de Talavera och kardinal Cisneros. En politik för att reformera de spanska kyrkorna hade börjat tidigt på 1400-talet, men rörelsen samlade fart bara under Isabella och Talavera. När Talavera 1492 blev ärkebiskop i Granada intogs hans plats vid drottningens sida av Cisneros, för vilken monarkerna säkerställde ärkebiskopen av Toledos viktiga ställning 1495. Monarkerna var intresserade av reformen av det sekulära prästerskapet och ännu mer i order av munkar, munkare och nunnor; Isabella intresserade sig särskilt för reformen av de fattiga Clares, en order av franciskanska nunnor. Även om det fortfarande fanns mycket att göra när hon dog, hade härskarna och Cisneros tillsammans gått långt för att uppnå sina mål.
Även om Isabella var intensivt from och ortodox i sin tro och fick med Ferdinand titeln de ”katolska kungarna” av påven Alexander VI, kunde hon vara både imperialistisk och pertinös i sin omgång med påvedömet. Detta var särskilt sant när hon trodde att påven gjorde dåliga utnämningar till spanska förmåner eller på något sätt inkräktade på de sedvanliga rättigheterna hos Kronan över de spanska kyrkorna. Till exempel för det lediga mötet i Cuenca 1478 avvisade hon den italienska kardinalen som utsågs av påven, som fyra år senare accepterade sin alternativa spanska kandidat. Därefter avvisade hon framgångsrikt förslaget att påvens brorson skulle bli ärkebiskop i Sevilla. I sitt försök att kontrollera utnämningar till kastilianska ser inspirerades Isabella inte bara av nationella känslor. Hon sökte också kandidater med hög ställning ARDS; bedömt av hennes val av män som Talavera och Cisneros, var Isabella anmärkningsvärt effektivt för att uppnå sitt mål.
Isabella var nästan lika intresserad av utbildning som hon var för religion. Efter att hon hade fyllt 30 år fick hon kunskaper i latin. Vid domstolen uppmuntrade hon sådana anmärkningsvärda forskare som Pietro Martire d’Anghiera, som hon inrättade som chef för en ny palatsskola för adels söner. Naturligtvis var många av de enastående litterära verk under hennes regeringstid, till exempel Antonio de Nebrijas Gramática Castellana (1492; ”Castilian Grammar”), tillägnad henne. Hon var också beskyddare för spanska och flamländska konstnärer och en del av hennes omfattande samling. av bilder överlever.
Det sista decenniet av hennes regeringstid ägde rum mot en bakgrund av familjsorg som orsakades av hennes enda sons och arvingar, Juan (1497), av hennes dotter Isabella, drottning av Portugal. , i födseln (1498), och av hennes barnbarn Miguel (1500), som kan ha lett till en personlig förening mellan Spanien och Portugal. I stället blev hennes dotter Joan, hustru till Filippus I och mor till den heliga romerska kejsaren Karl V, arvtagaren till Castilla. Men detta gav drottningen liten tröst eftersom Joan redan 1501 hade visat tecken på den mentala obalansen som senare skulle ge henne titeln ”The Mad.”
En av prestationerna av Isabellas senaste decennium var utan tvekan den framgång som hon och Ferdinand utökade sin auktoritet över de militära orderna i Alcántara, Calatrava och Santiago, vilket gav kronan kontroll över deras stora egendom och beskydd. Dessa order hade utnyttjats för länge av adeln och var föremål för intensiv rivalitet bland dem som försökte väljas till mästare för en eller annan av dem. År 1487 blev Ferdinand stormästare i Calatrava, och 1499 hade han förvärvat de stora mästerskap Alcántara och Santiago. Med tillfångatagandet av Granada hade orderns huvudsakliga arbete utförts, och en process som förutsåg deras ultimata upptagning i landets krona var logisk och förnuftig. Under sin långa regeringstid försökte Isabella också stärka kunglig auktoritet på bekostnad av Cortes (spanska parlamentet) och städerna.