Morales intervjuar Jill Biden vid Vita huset 2016.
Efter college arbetade Morales på Chase Bank innan hon fortsatte sin journalistkarriär. Hon började sin on-air karriär vid Nyheter 12 – Bronx som det första morgonankret under Nyheter 12 – Bronxs första nyhetsregissör Roberto Soto och originalstudiodirektörerna Tom D’Elia, Brian Webb, Darryl Stith och David Rein Hon fungerade också som kameraoperatör, redaktör och producent för det nätverket.
Morales fortsatte som helgankare / reporter och morgonmedankare på WVIT-TV i Hartford, Connecticut, där hon rapporterade om Columbine-skjutningarna, orkanen Floyd, presidentvalet 2000 och attackerna den 11 september 2001. Hon var också värd för och rapporterade för den Emmy-nominerade dokumentären Save Our Sound, en gemensam produktion med WNBC om att bevara Long Island Ljud. 1999 röstades hon ut som en av de 50 mest inflytelserika latinamerikanerna för sin nyhetstäckning och rapporter av den spansktalande dagstidningen El Diario La Prensa. Tidigare tillbringade Morales två år bakom kulisserna på Court TV. p> Morales var ankare och korrespondent för MSNBC från 2002 till 200 6. Hon täckte ett antal stora nyhetsberättelser där, inklusive presidentvalet 2004, sommar-OS 2004 i Aten, Grekland, missbruk av irakiska fångar, Operation Iraqi Freedom, rymdfärjan Columbia-katastrofen, Northeast Blackout 2003, 2002 Beltway prickskyttattacker och utredningen och rättegången mot Scott Peterson. Dessutom utsågs hon till en av Hispanic Magazine’s Top Trendsetters 2003.
Morales gick med i Today-showen 2006 som nationell korrespondent och utsågs till medankare för showens tredje timme i mars 2008. Den 9 maj 2011 tillkännagavs att Morales skulle ersätta Ann Curry som nyhetsankare för Today, när Curry efterträdde Meredith Vieira som värd för Today i juni 2011. År 2016 meddelades att Morales skulle flytta västerut för att vara värd för Access och bli Today Show West Anchor. År 2019 gick Morales bort från att vara värd för Access och var kvar som ankaren Today Show West Coast.