Komplikationer inkluderar ”gas uppblåst syndrom”, dysfagi (sväljproblem), dumpningssyndrom, överdriven ärrbildning, vagusnervskada och sällan achalasi. Fundopliceringen kan också ångras över tid i cirka 5-10% av fallen, vilket leder till återkommande symtom. Om symtomen motiverar en upprepad operation kan kirurgen använda Marlex eller någon annan form av konstgjort nät för att stärka sambandet. Postoperativt irritabelt tarmsyndrom, som varar i ungefär två veckor, är möjligt.
I ”gas bloat syndrom” kan fundoplicering förändra mags mekaniska förmåga att eliminera svälld luft genom rapningar, vilket leder till en ansamling av gas i magen eller tunntarmen. Data varierar, men viss grad av gasuppblåsthet kan förekomma hos så många som 41% av Nissen-patienterna, medan förekomsten är mindre hos patienter som genomgår partiell främre fundoplication. Gasuppblåsningssyndrom är vanligtvis självbegränsande inom 2 till 4 veckor, men i vissa fall kan det kvarstå. Den kränkande gasen kan också komma från kostkällor (särskilt kolsyrade drycker) eller ofrivillig sväljning av luft (aerofagi). Om postoperativt gasuppblåsningssyndrom inte löser sig med tiden kan kostbegränsningar, rådgivning avseende aerofagi och korrigering – antingen genom endoskopisk ballongdilatation eller upprepad operation för att revidera Nissen-fundopliceringen till en partiell fundoplication – vara nödvändig.
Kräkningar är ibland omöjliga eller, om inte, mycket smärtsamma efter en fundoplication, med sannolikheten för att denna komplikation normalt minskar under månaderna efter operationen. I vissa fall är syftet med denna operation att korrigera överdriven kräkning. Ursprungligen är kräkningar omöjliga; emellertid kan små mängder kräkningar produceras efter att förpackningen har lagt sig över tiden, och i extrema fall såsom alkoholförgiftning eller matförgiftning kan patienten kunna kräka fritt med viss smärta.