Kollisioner med kometer och asteroider
1994 kraschade Comet Shoemaker-Levy 9, som upptäcktes föregående år, i Jupiters atmosfär efter att ha delats upp i mer än 20 fragment. De successiva explosionerna observerades av teleskop på jordens yta, det jordbana rymdteleskopet och rymdfarkosten Galileo på väg till Jupiter. Endast Galileo såg explosionerna direkt eftersom de inträffade på baksidan av Jupiter sett från jorden. Icke desto mindre steg eldkulorna från de största fragmenten över planetens lem och de resulterande svarta fläckarna i Jupiters molnskikt var synliga även i små teleskop när Jupiters rotation förde dem i sikte. Spektroskopiska studier avslöjade att effekterna hade producerat eller levererat många kemikalier som vatten, cyanväte och kolmonoxid, ämnen som finns på Jupiter men i mycket mindre koncentrationer. Överskottet av kolmonoxid och cyanväte förblev detekterbara i den övre atmosfären flera år efter händelsen. Förutom dess inneboende intresse stimulerade kolleten mellan en komet och Jupiter detaljerade studier av effekterna som kometiska effekter skulle ha på jorden (se Jordens inverkningsrisk).
2009 uppstod en mörk fläck som liknade de som lämnades av fragmenten från Comet Shoemaker-Levy 9 nära Jupiters sydpol. Eftersom endast en fläck sågs trodde man att den påverkande kroppen var en enda kropp – antingen en komet eller en asteroid – snarare än en kedja av fragment.