Det amerikanske konsulat åbnede først i 1844 i den gamle by indenfor Jaffa Gate, i det, der nu er det svenske kristne studiecenter. I slutningen af det 19. århundrede flyttede konsulatet til et sted på Profeternes Gade. I 1912 flyttede den til Gershon Agron Street, i det nuværende West Jerusalem. Hovedbygningen, en af de første huse bygget uden for den gamle bymur, blev bygget i 1868 af Ferdinand Vester, en tysk luthersk missionær. En tredje historie blev tilføjet senere. Den 23. maj 1948 blev generalkonsulen, Thomas C. Wasson, myrdet. I 1952 lejede konsulatet en anden bygning på Nablus Road, Østjerusalem.
Trump-administrationen og fusionen med den amerikanske ambassade Rediger
Den 14. maj 2018, den nye ambassade i USA i Jerusalem åbnede på en lille del af Jerusalems generalkonsulats Arnona-sted, og det er nu den nye diplomatiske mission fra Amerikas Forenede Stater til staten Israel, der erstatter USAs tidligere ambassade i Tel Aviv. Ud af de 1.000 medarbejdere på Tel Aviv-ambassaden overførte ca. 50 for at drive den nye ambassade.
Generalkonsulatet vil fortsat fungere som en uafhængig mission fra sit historiske Agron Road-sted. Åbningen af den nye ambassade falder sammen med den blodigste dag i Gaza-protesterne i 2018, hvor mere end 40 palæstinensiske demonstranter døde. Åbningen falder også sammen med 70-året for Israel som nation i denne moderne æra.
Den 18. oktober 2018 meddelte USAs udenrigsminister Mike Pompeo, at USA ville fusionere det amerikanske generalkonsulat. med den nyligt omplacerede amerikanske ambassade i Jerusalem til en enkelt mission. Pompeo meddelte også, at USA fortsat vil gennemføre sin rapportering, opsøgende og program i de palæstinensiske territorier gennem en ny enhed for palæstinensiske anliggender inden for den amerikanske ambassade i Jerusalem. Denne enhed fungerer fra Agron Road-pladsen i Jerusalem. Mens meddelelsen blev hilst velkommen af den israelske regering, beskyldte palæstinensiske embedsmænd Trump-administrationen for at støtte Israels krav til Jerusalem.
Den 19. februar 2019 blev det rapporteret, at det amerikanske generalkonsulat ville blive fusioneret til Den amerikanske ambassade i marts 2019. Den 4. marts 2019 ophørte generalkonsulatet med at virke og blev fusioneret til den amerikanske ambassade, hvilket sluttede den amerikanske praksis med at have separate diplomatiske missioner til israelerne og palæstinenserne. Det tidligere generalkonsulat ‘s Agron Road-bygning vil blive omdøbt til enheden for palæstinensiske anliggender, som vil udføre mange af de tidligere generalkonsulatfunktioner. Den sidste generalkonsul var Karen Sasahara.
Som svar på generalkonsulatets fusion i Den amerikanske ambassade, Saeb Erekat, generalsekretæren for PLOs eksekutivkomité, opfordrede det internationale samfund til at boykotte den nye enhed for palæstinensiske anliggender. I mellemtiden kaldte kollegaen til eksekutivkomitéen Hanan Ashrawi, at konsulatet skulle lukke e Generelt “et angreb på palæstinensiske rettigheder og identitet.”