En komparativ fænotypisk og genomisk analyse af C57BL / 6J og C57BL / 6N musestammer

Sammenligning af genomsekvenser af C57BL / 6N og C57BL / 6J mus for SNP’er og små indels

Vi udnyttede parret slutning af C57BL / 6N til referencegenomet (C57BL / 6J) fra 17 Mouse Genomes Project. Listen over differentierende varianter (SNP’er, små indeller og SV’er) mellem de to genomer blev imidlertid nyoprettet ved hjælp af nye indbyggede procedurer for at øge sandsynligheden for at identificere nøjagtige formodede sekvensændringer. Et centralt analysetrin til at identificere et sæt af varianter af høj kvalitet fra tilpasningen var at udnytte den nyligt genererede kortlæste genom-sekvens af C57BL / 6J genereret af Broad Institute. Dette gjorde det muligt for os at identificere samlingsfejl i referencesekvensen. Derudover opdaterede vi variantdetektionsmetoden: først ved hjælp af anden og / eller mere udviklet software til at opdage varianter; for det andet ved at udføre manuel kurering på alle kodende varianter og for det tredje ved omfattende validering af en stor del af varianterne (inklusive alle kodende varianter) for at bekræfte sekvensforudsigelserne. Disse trin tilvejebragte et robust datasæt af kodningsvarianter af høj kvalitet, hvilket reducerede den falske positive hastighed betydeligt.

For at identificere SNP’er og små indeller, der adskiller C57BL / 6J og C57BL / 6N stammerne, brugte vi den parrede- slutlæsninger genereret fra 17 Mouse Genomes Project. Vi kaldte varianter ved hjælp af Genome Analysis Toolkit (GATK) og fandt 681.220 varianter, der skelner mellem C57BL / 6J og C57BL / 6N stammer. Ved hjælp af den kortlæste genomsekvens af C57BL / 6J genereret af Broad Institute var vi i stand til at filtrere potentielle sekventeringsfejl ud ved at fjerne varianter, der var fælles for Broad C57BL / 6J-sekvensen, hvilket modvirker uoverensstemmelser i referencen, mens vi forbedrede den falsk-negative sats. De resterende aflæsninger blev filtreret med et allelforhold på mindre end 0,8 (heterozygot) og dækket af mindre end 3 eller større end 150 aflæsninger. Disse trin reducerede listen markant, hvilket resulterede i 10.794 formodede varianter, der blev udsat for yderligere analyser.

Ved hjælp af Sequenom, PyroSequencing og Sanger-sekventering validerede vi alle kodende varianter og en delmængde af de ikke-kodende varianter, som omfattede 762 SNP’er og 169 små indels. Assays blev udført ved hjælp af et panel med fire C57BL / 6J og fire C57BL / 6N prøver for at bekræfte genotyper (se Materialer og metoder). Vi betragtede en variant som valideret, når alle fire C57BL / 6J- og C57BL / 6N-prøver viste konsistente genotyper inden for en understamme og varianter mellem understammerne. Under valideringsprocessen eliminerede vi 363 varianter af en række årsager, herunder heterozygote og inkonsekvente genotyper og PCR-fejl. For de resterende 568 blev 236 bekræftet som variant mellem understammerne (se yderligere fil 1, tabel S1).

Ved hjælp af annoteringsprogrammerne NGS-SNP og Annovar var den genomiske placering og andre genfunktioner undersøgt. De endelige validerede sekvensvarianter mellem C57BL / 6J og C57BL / 6N bestod af 34 kodende SNP’er, 2 kodende små indels, 146 ikke-kodende SNP’er og 54 ikke-kodende små indels. Kodningsvarianter omfattede 32 missense SNP’er, 1 nonsensmutation, 1 splejsmutation og 2 frameshift-mutationer (tabel 1). Vi fandt ud af, at alle varianter undtagen en (Zp2, kromosom 7) var private for enten C57BL / 6J eller C57BL / 6N og ikke blev fundet i nogen af de 16 andre indavlede stammer, der for nylig blev sekventeret.

Sammenligning af genomssekvenser af C57BL / 6N og C57BL / 6J mus til strukturelle varianter

Igen ved at anvende de parrede læsninger genereret fra 17 Mouse Genomes Project og en kombination af fire beregningsmæssige metoder identificerede vi 551 SV’er mellem C57BL / 6J og C57BL / 6N. Som beskrevet andetsteds inspicerede vi visuelt kortlæst parret kortlægning på disse 551 SV-steder i de 17 sekventerede indavlede stammer af mus og i Broad J-sekventeret genom. Ved at gøre dette var vi i stand til at bevare 81 af de 551 websteder til yderligere eksperimentelle analyser (470 forudsagte websteder viste sig at være falske på grund af parrede kortlægningsfejl). PCR- og Sanger-baserede sekventeringsanalyser på disse 81 tilbageholdte steder tillod os at fjerne yderligere 38 steder, som blev bekræftet til ikke-polymorfe mellem C57BL / 6J og C57BL / 6N på grund af referencefejl. Endelig blev alle 43 forudsagte varianter valideret som autentiske SV’er, der adskiller C57BL / 6J- og C57BL / 6N-stammerne (tabel 2), hvilket resulterer i en null falsk-positiv hastighed.

Af de 43 SV’er overlapper 15 med et gen (tabel 2), herunder 12 varianter, der ligger inden for ikke-kodende regioner af gener, 2 varianter, der påvirker den kodende region af genet (Vmn2r65 (Vomeronasal 2, receptor 65) og Nnt (nicotinamidnukleotidtranshydrogenase)) og 1, der påvirker hele genet Cyp2a22 (cytochrom P450, familie 2, underfamilie a, polypeptid 22). Kun 1 af de 15 varianter er kendt og har allerede været forbundet med en fænotype, Nnt; de resterende 14 er nye, og i flere diskuterer vi deres potentielle biologiske funktioner nedenfor.

Ved hjælp af rotten som en udgruppeart udledte vi derefter oprindelsen af de 43 SV’er mellem C57BL / 6J og C57BL / 6N, og fandt, at 27 varianter var produktet af retrotransposition, 15 ikke-gentagne medierede SV’er, og 1 var et variabelt antal tandem-gentagelse (VNTR) (tabel 2). Bemærkelsesværdigt var næsten alle varianter private for enten C57BL / 6J eller C57BL / 6N (tabel 2).

Omfattende fænotypisk vurdering af C57BL / 6N og C57BL / 6J mus

Parallelt med de genomiske analyser har European Mouse Disease Clinic (EUMODIC) konsortium udført en omfattende fænotypisk sammenligning af C57BL / 6NTac og C57BL / 6J stammerne. EUMODIC består af fire musecentre, der udfører bredt baserede primære fænotypebetegnelser af 500 musemutante knockout-linjer genereret fra projekterne European Conditional Mouse Mutagenesis (EUCOMM) og Knockout Mouse (KOMP) inden for IKMC-programmet. Kohorter af mus fra hver mutantlinje går ind i den europæiske fænotypebestemmelsesressource for standardiserede skærme slim (EMPReSSslim) fænotype vurdering, der består af to fænotypebestemmende rørledninger, tilsammen bestående af 20 fænotypebestemmelsesplatforme (identificeret ved et ESLIM__procedure_number), der udføres fra 9 til 15 uger (se yderligere fil 2, figur S1). Metoderne til udførelse af hvert skærmbillede er detaljeret i standardoperationsprocedurerne (SOP’er), der findes i EMPReSS-databasen. Data blev erhvervet på 413 fænotype-parametre sammen med 146 metadata-parametre og indgået i EuroPhenome-databasen. Som en del af dette arbejde har vi fanget omfattende kontroldata om baseline-fænotypen C57BL / 6NTac. Vi har også benyttet lejligheden til at undersøge fænotypen af C57BL / 6J mus og sammenligne denne med C57BL / 6NTac (herefter benævnt henholdsvis J og N).

For hver linje, N og J, alder -matchede mus er blevet analyseret gennem begge EMPReSSslim-rørledninger. Data blev erhvervet fra alle fire centre i konsortiet til 19 af de 20 platforme fra rørledningen, eksklusive fluorescensaktiverede cellesorterings (FACS) analyser (se yderligere fil 2, figur S1). EMPReSSslim-protokollerne er strengt standardiseret i EUMODIC-konsortiet; der er dog fortsat nogle forskelle i for eksempel udstyr og diæt, og dette er fanget i metadatasættene inden for EuroPhenome. Der vil naturligvis være andre ukendte miljøforskelle mellem centre. Samlet set kan disse bidrage til gen-miljøforskelle og fænotyperesultat, men vi forsøgte ikke systematisk at definere disse effekter, i stedet for at fokusere på fænotyper, der er i overensstemmelse med centre og er klart robuste over for ukendte miljøforstyrrelser. Data fra N- og J-kohorterne fra hvert center blev deponeret i EuroPhenome og er blevet udsat for en statistisk analyse for hvert center (se Materialer og metoder). Det er vigtigt at bemærke her, at sammenligninger mellem N og J blev udført inden for, ikke mellem centre. Statistisk analyse af resultater mellem centre blev ikke udført, da eksperimenter ikke kunne kontrolleres fuldstændigt mellem centre på grund af miljømæssige og andre variabler og forskelle i antal dyr analyseret i hvert center (se yderligere fil 3, figur S2a-d). Vi valgte derfor at vedtage en tilgang, der fokuserede på stammesammenligninger inden for de enkelte centre i modsætning til at generere en multicenter statistisk model, der undersøgte en samlet statistisk forskel mellem de to stammer. Imidlertid gav replikation af N- og J-sammenligningen på tværs af flere centre os yderligere styrke til at underbygge signifikante fænotypiske forskelle mellem de to stammer. Ud over analysen af N og J gennem EMPReSSslim primær fænotypepipeline på de fire centre, har andre partnere inden for EUMODIC-konsortiet anvendt en bredere vifte af ofte mere sofistikerede fænotypetest til at indsamle yderligere information, hvoraf nogle udforsker yderligere og har til formål at underbygge de fænotypiske forskelle afsløret gennem EMPReSSslim.

Ved analysen af data fokuserede vi først på at identificere fænotype-parametre, der viste en konsistent og signifikant forskel mellem N og J i tre eller flere centre.Vi identificerede 27 fænotype-parametre i denne klasse (figur 1a; se yderligere fil 3, figur S2a, e). I flere tilfælde blev disse forskelle understøttet af data fra sekundær analyse, og vi diskuterer disse tilfælde nedenfor. Vi afdækkede også en anden klasse af parametre, for hvilke lignende tendenser blev set i to centre, men der blev ikke set tegn på tendenser i de to andre centre (figur 1b; se yderligere fil 3, figur S2b, f). Imidlertid viser vores statistiske analyse (se Materialer og metoder), at for denne klasse af parametre er den samlede betydning af N versus J forskelle lav, og de observerede tendenser skal behandles med forsigtighed. I flere af disse tilfælde er de observerede tendenser imidlertid i overensstemmelse med fænotyper, der findes i den første klasse af parametre. Vi identificerede også en tredje, men lille klasse af parametre, der viste meget signifikante forskelle i to eller flere centre (figur 2; se yderligere fil 3, figur S2d, h), men uventet den modsatte tendens i et af centrene. Vi diskuterer årsagerne til disse anomalier, som i nogle tilfælde sandsynligvis skyldes gen-center-interaktioner. Den endelige klasse repræsenterer et stort antal tests, hvor vi ikke observerede nogen ensartede og signifikante forskelle på tværs af centrene, og konkluderede, at disse er mere tilbøjelige til at være falske positive snarere end bevis for N / J-forskelle (se yderligere fil 3, figur S2c , g).

Dysmorfologi og oftalmologi

Vi fandt ingen beviser for nogen større forskelle i morfologiske træk mellem N og J, herunder røntgenanalyse af skeletet. Imidlertid blev der identificeret et antal oftalmologiske forskelle mellem de to stammer. Analyse af de generelle visuelle funktioner ved anvendelse af den virtuelle optokinetiske tromle fandt nedsat syn i N sammenlignet med J mus (N: 0,314 cyklus / grad, 95% CI 0,305 til 0,323, n = 89; J: 0,399 cyklusser / grad, 95% CI 0,394 til 0,404, n = 128; p < 0,001, Student’s t-test). Dette afspejlede ikke forskelle i linsens opaciteter, da kvantitativ analyse ved hjælp af et Scheimpflug-kamera fandt gennemsigtige linser i begge stammer (N: 5,2 + 0,5%, n = 10; J: 5,0% + 0,5% opacitet, n = 10). Hvide pletter blev set i fundus af N-mus ved en høj frekvens, som var fraværende hos J-mus ( Dette skyldes sandsynligvis tilstedeværelsen af Crb1rd8mutation i N-mus, som tidligere rapporteret, skønt der i vores tilfælde kun blev set flekker i den ventrale nethinde med variationer i flekkestørrelse og det berørte område mellem mus (figur 3A) Yderligere undersøgelser med topisk fundusendoskopi viste, at antallet af hovedkar var variabelt og varierede mellem tre og syv for vener og tre og eig ht for arterier (figur 3B), og en given mus kunne have ikke-matchende tal mellem de to øjne. Det gennemsnitlige antal af både vener og arterier var signifikant højere (P < 0,001) i J end hos N-mus (figur 3C).

Kardiovaskulær

Ikke-invasive blodtryksmålinger (ESLIM_002) viste, at systolisk arterielt tryk var signifikant højere i J end hos N-mus, skønt betydningen af effekten blev fundet at variere mellem køn og mellem centre. Desuden observerede alle centre, at pulsfrekvensen var signifikant højere i N end hos J-mus.En sekundær partner inden for konsortiet fandt imidlertid, at hjertefrekvensen under bedøvelse var signifikant lavere i N end hos J-hanmus, hvilket afspejles i et langt inter-beat (RR) og QTc-interval. Vi fandt også, at hjertevægten normaliseret til skinnebenlængde (ESLIM_020) var signifikant lavere i N end hos J-mus i to af centrene, og disse resultater blev uafhængigt bekræftet ved sekundær analyse. Yderligere undersøgelser af hjertestruktur og funktion ved hjælp af ekkokardiografi og hjertekontraktil funktion ved hæmodynamik afslørede ingen forskelle mellem N og J (data ikke vist).

Metabolisme

Til indirekte kalorimetri-målinger af frit fodrede mus (ESLIM_003) fandt vi en jævn forskel mellem N og J for O2-forbrug, CO2-produktion og varmeproduktion. J mus viste reduceret gasudveksling og lavere energiforbrug (varmeproduktion eller metabolisk hastighed) sammenlignet med N, som generelt var mere markant hos kvinder. I sekundær fænotypebestemmelse med fastende indirekte kalorimetri var der en tendens mod lavere energiforbrug i J versus N i løbet af natten. Dette var muligvis forbundet med nedsat ambulant aktivitet i J og lavere madindtag i J sammenlignet med N i løbet af natten, især ved genfodring (data ikke vist). Der var ingen konsistent forskel i aktivitet i den fri-fodrede kalorimetri-skærm (ESLIM_003) i de to centre, hvor aktivitet blev målt (se yderligere fil 3, figur S2c, g). Forenklet intraperitoneal glucosetolerancetest (IPGTTs) (ESLIM_004) viste nedsat glucosetolerance hos J versus N-mus. Disse observationer af glukosemetabolisme er i overensstemmelse med den kendte sletning af det Nnt-gen, der er specifikt for J-mus, hvilket har vist sig at spille en rolle i reguleringen af insulinresponset i beta-celler i bugspytkirtlen.

Dobbelt energi X -ray absorptiometry (DEXA) kropssammensætning og knogletæthedsmålinger (ESLIM_005) viste, at N-mus har øget fedtmasse (både absolut og normaliseret til vægt). Desuden angav DEXA-målinger, at J-mus har øget magert masse sammenlignet med N. I to af centrene var målinger af knoglemineraltæthed højere hos J-hanmus; dette fund blev imidlertid ikke replikeret i det tredje center, der foretog DEXA-skærme. Vi fortsatte med at foretage mikro-computertomografi (μCT) analyse af de to stammer (figur 4) og fandt, at kortikal tykkelse, kortikal porøsitet og trabekulær knoglemængde var uændret mellem N og J. Derudover var analyse af forskellige mikroarkitekturer parametre viste, at det samlede trabekulære netværk var ens. Endelig kunne måling af knogledannelse og resorptionsmarkører ikke afsløre nogen forskelle mellem de to stammer (figur 4).

Neurologisk, adfærdsmæssig og sensorisk

To centre viste store og konsistente forskelle mellem N og J i aktivitet i det åbne felt (ESLIM_007) (figur 2), herunder højere aktivitet i J-mus målt ved tilbagelagt afstand og et højere antal centerindgange, hvilket indikerer reduceret angst. Disse forskelle er i overensstemmelse med data, der for nylig blev rapporteret om en adfærdsmæssig sammenligning af N og J. Interessant nok var de mest signifikante effekter begrænset til mænd i de to centre. Uventet blev det omvendte set i et tredje center, hvor N-mus var mere aktive end J, skønt disse virkninger blev set hos både mænd og kvinder. Et fjerde center registrerede ikke disse effekter og fandt ingen signifikante forskelle. Centrene brugte alle EMPReSSslim SOP til proceduren, som omfattede et krav til arenaer af lignende størrelse, men der var nogle operationelle forskelle mellem centrene, herunder brug af enkelt- eller flere rum til at huse arenaerne; transparente eller uigennemsigtige arenaer; og fraværet eller tilstedeværelsen af miljøberigelse i hjemmebure (som det vides at have en effekt på adfærdsmæssige resultater). Imidlertid var ingen af disse variabler i overensstemmelse med de forskellige observationer mellem centre.Vi kan dog ikke udelukke påvirkninger af tarmmikrobiomet, som man kan forvente at være forskelligt mellem centre. Tarmmikrobiomet er kendt for at påvirke centralnervesystemets funktion og adfærd, hovedsageligt gennem hypothalamus-hypofyse-binyreaksen. Vi konkluderer, at der under visse betingelser kan ses signifikante forskelle i åbne feltparametre mellem N og J, men arten af disse forskelle er følsom over for ukendte miljøforhold. Det er interessant, at det største modstridende fund i N versus J-fænotyper var begrænset til en adfærdsmæssig fænotypeplatform. Derimod fandt vi ikke inkonsekvenser for de fleste andre tests (bortset fra et par hæmatologiske og kliniske kemiparametre, se nedenfor), hvilket indikerer, at adfærdsanalyser i modsætning til de fleste fænotypeplatforme kan være akut følsomme over for miljøparametre.

Vi gennemførte også en lys / mørk overgangstest for at sammenligne angst i N- og J-stammer (figur 5). Vi fandt ingen signifikante forskelle mellem N- og J-mus i antallet af lys-mørke overgange eller i den procentvise tid brugt i det mørke rum. Imidlertid var latenstiden til at komme ind i det mørke rum signifikant højere hos N-mus. Modificeret SHIRPA-test (SmithKline Beecham, Harwell, Imperial College, Royal London Hospital, Phenotype Assessment) (ESLIM_008, figur 1a) i alle fire centre viste, at J-hanmus havde signifikant øget bevægelsesaktivitet, hvilket korrelerede med resultaterne af den øgede tilbagelagte afstand open-field test i nogle centre (se ovenfor).

Vi gennemførte en række tests, der afspejler motorisk evne. Forskelle i grebsstyrke (ESLIM_009) blev set på tværs af alle centre, hvor J var højere end N, men de berørte parametre var forskellige, hvor nogle centre rapporterede forskelle i forbenets grebstyrke og nogle for forben og bagbenets grebstyrke kombineret (figur 1a , b). Rotarod-test (ESLIM_010) viste signifikante forskelle i latenstid til at falde på tværs af alle centre, skønt den reducerede motoriske evne for N kun blev set for kvinder i to af centrene. Vi udforskede yderligere motoriske evner i N- og J-hanmus ved at undersøge motorisk læringsydelse på rotaroden over 4 dage (figur 5). Mens motorens ydeevne forbedredes markant fra dag 1 til dag 2, forbedredes ydelsen af N mus kun gradvist og var signifikant forskellig fra dag 1-målingerne kun fra dag 3 (P < 0,05) og fremefter. Desuden var der fra dag 2 til dag 4 meget signifikante forskelle i latenstiden til at falde mellem N og J. Den primære test udført på centrene afslørede således en potentielt reduceret motorisk ydeevne i N, der blev bekræftet og yderligere uddybet ved mere sofistikeret test af motorisk læringspræstation.

Vi udførte også to yderligere adfærdsmæssige tests for at uddybe N-kontra J-forskelle. For det første sammenlignede vi ydeevnen for N og J i Morris vand labyrint test brugt til at vurdere rumlig hukommelse. N hanmus viste meget signifikant nedsat ydeevne (højere latenstid) sammenlignet med J hanmus (figur 6). For det andet undersøgte vi følelsesmæssig læring eller hukommelse for en aversiv begivenhed ved hjælp af cue og kontekstuelle frygtkonditioneringstest her fandt vi dog ingen signifikante forskelle mellem de to stammer (data ikke vist).

Undersøgelse af akustisk skræk og præ-pulsinhibering (ESLIM_011) (figur 1a) i de to stammer identificerede en række parametre der var signifikant og konsekvent forskellige på tværs af centre. Akustisk skræmmestørrelse ved 110 dB og skræmmende responsstørrelse til præpuls og puls (PP1-PP4 + puls, se EMPReSSslim) blev reduceret i N sammenlignet med J, skønt denne effekt ikke blev set hos kvinder i et center. I overensstemmelse med disse observationer fandt vi, at præpulsinhibering var forskellig mellem N og J, med præpulsinhibering ved PP2 og PP3 og global inhibering steg i N sammenlignet med J. Flere andre overraskelsesstørrelser og præpulsinhiberingsparametre viste signifikante effekter i et eller to centre (figur 1b; se yderligere fil 3, figur S2b, f), men der blev ikke set nogen forskelle i andre centre. Observationerne af overraskelsesstørrelse blev ikke forvekslet med forskelle i hørelse, da vi vurderede auditive tærskler i både J- og N-mus ved hjælp af den auditive hjernestamme-responstest og fandt ingen forskelle (data ikke vist).

Klinisk kemi h4>

Omfattende paneler med kliniske kemi-tests blev udført på plasmaprøver opsamlet i slutningen af hver fænotypepipeline. Blodprøven i slutningen af rørledning 1 (ESLIM_021) blev opsamlet efter en faste natten over, hvorimod prøven i slutningen af rørledning 2 (ESLIM_015) var fra et frit fodret dyr.Data, der var enige fra mindst tre centre, viste, at urinstof og elektrolytterne natrium, kalium og chlorid var signifikant højere i plasma fra J-mus i forhold til N-mus (figur 1a), skønt der var nogle klare interaktioner mellem kønscentre. Data for fri-fodret og fastende plasmaglucoseniveauer viste, at mindst to centre for hver test fandt, at plasmaglucoseniveauer var højere i N end hos J-mus (figur 1b). Imidlertid er blodglukoseniveauer kendt for at være påvirket af dyrehåndtering, prøveforarbejdning og brugen af bedøvelsesmidler. De her præsenterede data er alle fra prøver indsamlet under gasformig isofluoranbedøvelse, bortset fra et center, hvor prøver blev indsamlet under ketamin / xylazininjektion (se figur 1). Som diskuteret ovenfor forekommer det på grund af deres kendte svækkelse i insulinsekretion modstridende for J-mus at have lavere plasmaglucoseniveauer end N-mus, men deletionen i Nnt ser ud til kun at påvirke glukoseklaringshastigheder og faste eller ikke-udfordrede J-mus ikke har konstant hyperglykæmi. Flere andre parametre viste sig at være højere i J end i N-mus i mindst to centre, men i hvert tilfælde rapporterede de andre centre ikke signifikante forskelle i de samme parametre (figur 1b), for eksempel frie fedtsyrer. To centre fandt, at jern var signifikant højere hos N-hanner, og at alkalisk phosphatase var signifikant højere hos J-hanner. Et af disse centre fandt også, at det samme var tilfældet hos kvinder (figur 2). Data for hver af disse parametre fra et tredje center modsiger dog disse fund.

Hæmatologi

Forskellige hæmatologiske parametre blev målt i slutningen af rørledning 2 (ESLIM_016). Væsentlige ændringer i et antal parametre blev fundet af to centre, men disse resultater blev ikke replikeret i de andre, inklusive antal hvide og røde blodlegemer, gennemsnitligt cellevolumen og gennemsnitligt korpuskulært hæmoglobin (figur 1b). Modstridende resultater blev opnået for hæmatokrit- og middelcellehæmoglobinkoncentrationstest (figur 2). I begge tilfælde var data fra to centre enige, mens et tredje center viste den modsatte effekt. Dette kan muligvis skyldes de forskellige maskinteknologier, der anvendes til hæmatologiske målinger i de deltagende klinikker, som registreret i metadataene.

Immunfunktion og allergi

Vi undersøgte et antal sekundære fænotyper inklusive værtsresistens over for Listeria monocytogenes i J- og N-stammerne. Kvinder af begge stammer var mere modtagelige for L. monocytogenes infektion; dog var kønsforskellen i Listeria-værtsmodtagelighed mindre udtalt i N end hos J. Mænd af N-stammen viste forbedret clearance af Listeria på dag 4 efter infektion sammenlignet med J-mænd. Dette korrelerer med et øget proinflammatorisk respons hos N-mænd på dag 3 efter infektion sammenlignet med J-mænd (figur 7).

Vi testede også N- og J-mus for dinitrofluorbenzen (DNFB) -induceret kontaktoverfølsomhed (CHS). Der blev identificeret væsentlige forskelle i CHS-responsen mellem de to musestammer, hvor J udviste en øget CHS-respons. Mærkbart viste hunmus af begge stammer en øget CHS sammenlignet med hanmus. Undersøgelse af responsiviteten af naturlige dræberceller (NK) -celler over for forskellige stimuli viste, at en større fraktion af NK-celler aktiveres af interleukin (IL) -12 alene eller i kombination med IL-2 i J sammenlignet med N-mus; igen var dette svar mere signifikant hos kvinder (figur 8).