Denne teknik blev udviklet i slutningen af 1980’erne og er en stærk metode til opdage translokationer (omlejringer blandt kromosomer).
For udviklingen af FISH var det nødvendigt at isolere hvert humant kromosom. Efterfølgende blev DNA fra disse kromosomer fragmenteret og anbragt i bakterieceller for at amplificere det (producere mange kopier). På denne måde kan der opnås et stort antal kopier af DNA fra hvert kromosom.
Disse amplificerede DNA-fragmenter er mærket med passende fluorescerende (lysemitterende) farvestoffer og får lov til at hybridisere (vedhæfte) til metafasekromosomer . De fluorescerende mærkede DNA’er binder sig til de analoge kromosomer, hvorfra de blev afledt. (DNA-fragmenter med de samme basesekvenser har karakteristikken ved at binde sig til hinanden.)
På denne måde, hvis en del af et malet kromosom (for eksempel gul) havde gennemgået en udveksling med et andet, ikke -malet kromosom (farvet rødt) er det muligt at detektere aberrationen (kaldet en gensidig translokation), fordi det afvigende kromosom indeholder både gule og røde segmenter. Normalt kan et par tofarvede kromosomer påvises i en metafase, fordi to kromosomer typisk udveksler en del af deres DNA.
Gensidige translokationer er vanskelige at opdage ved simpel farvning af hele sæt kromosomer med en enkelt materiale, såsom med Giemsa. Forestil dig for eksempel en sag, hvor de to udvekslede segmenter havde samme længder. De to translokerede kromosomer skal virke helt normale, både i form og længde. Hvis vi anvender FISH, kan en sådan translokation dog detekteres tydeligt.
Figur. Et eksempel på FISH-behandlede metafasekromosomer
Her blev kromosomer 1, 2 og 4 mærket gule med FISH, og de andre kromosomer blev farvet røde. Translokationer mellem gule og røde kromosomer påvises. Det venstre billede repræsenterer en normal celle (tallene i figuren angiver kromosomnumre), og det højre billede er et eksempel på gensidig translokation med to bi-farvede kromosomer (angivet med to pile).