Morales interviewede Jill Biden i Det Hvide Hus i 2016.
Efter college arbejdede Morales i Chase Bank, før hun fulgte sin journalistikkarriere. Hun begyndte sin on-air karriere ved News 12 – The Bronx som det første morgenanker under News 12 – The Bronx ‘s første nyhedsdirektør Roberto Soto og de originale studiedirektører Tom D’Elia, Brian Webb, Darryl Stith og David Rein. Hun fungerede også som kameraoperatør, redaktør og producent for dette netværk.
Morales fortsatte med at fungere som weekendanker / reporter og morgenmedanker på WVIT-TV i Hartford, Connecticut, hvor hun rapporterede om Columbine-skyderiet, orkanen Floyd, præsidentvalget i 2000 og angrebene den 11. september 2001. Hun var også vært for og rapporterede for den Emmy-nominerede dokumentar, Save Our Sound, en fælles produktion med WNBC om bevarelse af Long Island Sound. I 1999 blev hun kåret til en af de 50 mest indflydelsesrige latinas for hendes nyhedsdækning og rapporter af den spanske dagblad El Diario La Prensa. Tidligere tilbragte Morales to år med at arbejde bag kulisserne på Court TV.
Morales var anker og korrespondent for MSNBC fra 2002 til 200 6. Hun dækkede en række større nyhedshistorier der, herunder præsidentvalget 2004, sommer-OL 2004 i Athen, Grækenland, misbrug af irakiske fanger, Operation Iraqi Freedom, Space Shuttle Columbia-katastrofen, Northeast Blackout i 2003, 2002 Beltway snigskytteangreb og efterforskning og retssag mod Scott Peterson. Derudover blev hun udnævnt til en af Hispanic Magazine’s Top Trendsetters i 2003.
Morales sluttede sig til Today-showet i 2006 som national korrespondent og blev udnævnt til medanker for showets tredje time i marts 2008. Den 9. maj 2011 blev det meddelt, at Morales ville erstatte Ann Curry som nyhedsanker for Today, da Curry efterfulgte Meredith Vieira som vært for Today i juni 2011. I 2016 blev det meddelt, at Morales ville flytte vest for at være vært for Access og blive Today Show West Anchor. I 2019 trådte Morales væk fra at være vært for Access og forblev fortsat som Today Show West Coast-ankeret.