Komplikationer inkluderer “gas oppustet syndrom”, dysfagi (synkebesvær), dumping syndrom, overdreven ardannelse, vagus nerveskade og sjældent achalasi. Fundopliceringen kan også fortrydes over tid i ca. 5-10% af tilfældene, hvilket fører til gentagelse af symptomer. Hvis symptomerne berettiger til en gentagen operation, kan kirurgen bruge Marlex eller en anden form for kunstigt mesh for at styrke forbindelsen. Postoperativ irritabel tarmsyndrom, der varer i ca. 2 uger, er mulig.
I “gas bloat syndrom” kan fundoplicering ændre maves mekaniske evne til at eliminere slukket luft ved hævning, hvilket fører til en ophobning af gas i maven eller tyndtarmen. Data varierer, men en vis grad af gasopblødning kan forekomme hos så mange som 41% af Nissen-patienterne, mens forekomsten er mindre hos patienter, der gennemgår delvis forreste fundoplication. Gasopblødningssyndrom er normalt selvbegrænsende inden for 2 til 4 uger, men i nogle tilfælde kan det vare. Den fornærmende gas kan også komme fra diætkilder (især kulsyreholdige drikkevarer) eller ufrivillig indtagelse af luft (aerofagi). Hvis postoperativt gas-oppustet syndrom ikke løser sig med tiden, kan diætbegrænsninger, rådgivning vedrørende aerofagi og korrektion – enten ved endoskopisk ballondilatation eller gentagen operation for at revidere Nissen-fundopliceringen til en delvis fundoplication – være nødvendig.
Opkastning er undertiden umulig eller, hvis ikke, meget smertefuld efter en fundoplication, med sandsynligheden for, at denne komplikation typisk falder i månederne efter operationen. I nogle tilfælde er formålet med denne operation at korrigere overdreven opkastning. Oprindeligt er opkastning umulig; dog kan der produceres små mængder opkast, efter at indpakningen har lagt sig over tid, og i ekstreme tilfælde såsom alkoholforgiftning eller madforgiftning kan patienten muligvis kaste frit med en vis smerte.