I 1880’erne, i Paris, menes Palais Garnier Opera House at være hjemsøgt af en enhed kendt som Opera’s Phantom eller simpelthen Opera Ghost. En scenehandler ved navn Joseph Buquet findes hængt, løkken rundt om halsen mangler.
Ved en galaforestilling til pensionering af operahusets to ledere opfordres en ung, lidt kendt svensk sopran, Christine Daaé, til at synge i stedet for Operas førende sopran, Carlotta, der er syg, og Christines optræden er en forbløffende succes. Vicomte Raoul de Chagny, der var til stede ved forestillingen, genkender hende som sin legekammerat fra barndommen og minder om sin kærlighed til hende. Han forsøger at besøge hende bag scenen, hvor han hører en mand komplimentere hende inde fra hendes påklædningsværelse. Han undersøger rummet, når Christine forlader, kun for at finde det tomt.
På Perros-Guirec mødes Christine med Raoul, der konfronterer hende med den stemme, han hørte i hendes værelse. Christine fortæller ham, at hun er blevet undervist af musikenglen, som hendes far plejede at fortælle dem om. Når Raoul antyder, at hun måske bliver offer for en skør, snakker hun af. Christine besøger sin fars grav en nat, hvor en mystisk figur dukker op og spiller violin for hende. Raoul forsøger at konfrontere den, men bliver angrebet og slået ud undervejs.
Tilbage på Palais Garnier, de nye ledere modtager et brev fra Phantom, hvor de kræver, at de tillader Christine at udføre Marguerites hovedrolle i Faust, og at boks 5 efterlades tom til hans brug, så de ikke optræder i et hus med en forbandelse på det. hans krav er et prank og ignorerer dem, hvilket resulterer i katastrofale konsekvenser, da Carlotta ender med at kvæke som en tudse, og lysekronen pludselig falder ned i publikum og dræber en tilskuer. Phantom, der har bortført Christine fra sit påklædningsværelse, afslører sig som en misdannet mand, der hedder Erik.
Erik har til hensigt at holde sin fange i sit lager i et par dage. Alligevel får hun ham til at ændre sine planer, når hun afmaskerer ham og til rædsel for begge ser hans næsesløse, sunkne øjne ansigt, der ligner en kranium tørret op gennem århundrederne. Af frygt for at hun vil forlade ham, beslutter han at holde hende permanent, men når Christine anmoder om løsladelse efter to uger, accepterer han betingelsen om, at hun bærer sin ring og er tro mod ham.
På taget af operahuset, fortæller Christine Raoul om hendes bortførelse og får Raoul til at løfte hende væk til et sted, hvor Erik aldrig kan finde hende, selvom hun modstår. Raoul fortæller Christine, at han vil leve op til sit løfte den næste dag, som hun accepterer. Imidlertid sympatiserer Christine med Erik og beslutter at synge for ham en sidste gang som et middel til at sige farvel. Uden at Christine og Raoul vidste, har Erik fulgt dem og hørt hele deres samtale.
Den følgende nat bortfører den rasende og jaloux Erik Christine under en produktion af Faust og forsøger at tvinge hende til at gifte sig med ham. Raoul ledes af en mystisk opera-regelmæssig kun kendt som “persen” ind i Eriks hemmelige hul dybt inde i operahusets tarm. Alligevel ender de fanget i et spejlet rum af Erik, der truer det, medmindre Christine accepterer gifte sig med ham, han vil dræbe dem og alle i operahuset ved hjælp af sprængstoffer.
Christine indvilliger i at gifte sig med Erik. Erik forsøger oprindeligt at drukne Raoul og perseren ved hjælp af det vand, der ville have været brugt til at slukke sprængstofferne. Christine tigger stadig og tilbyder at være hans “levende brud” og lover ham ikke at dræbe sig selv efter at være blevet hans brud, da hun netop havde forsøgt at begå selvmord. Erik frigiver til sidst Raoul og persen fra hans torturkammer.
Når Erik er alene med Christine, løfter han sin maske for at kysse hende på panden og til sidst får han et kys tilbage. Erik afslører, at han aldrig har kysset nogen, inklusive sin egen mor, der ville løbe væk, hvis han nogensinde forsøgte at kysse hende. Han er overvældet af følelser. Han og Christine derefter græder sammen, og deres tårer “blander sig.” Hun holder også hans hånd og siger, “Fattig, ulykkelig Erik,” hvilket reducerer ham til “en hund, der er klar til at dø for hende.”
Han tillader perseren og Raoul at flygte, dog ikke før Christine lovede, at hun vil besøge ham på hans dødsdag og returnere den guldring, han gav hende. Han giver også det persiske løfte om, at han bagefter vil gå til avisen og rapportere om sin død, da han snart vil dø “af kærlighed.”
Faktisk en gang senere vender Christine tilbage til Eriks hul, og efter hans anmodning begraver han ham et sted, hvor han aldrig vil blive fundet, og returnerer guldringen. Bagefter kører en lokal avis den enkle note: “Erik er død.” Christine og Raoul løber sammen for aldrig at vende tilbage.
Epilogen samler bits fra Eriks liv, information som “fortælleren” fik fra perseren. Det afsløres, at Erik var søn af en ejer af en byggefirma, deformeret ved fødslen.Han løb væk fra sit hjemland Normandiet for at arbejde på messer og campingvogne og skolede sig inden for cirkusens kunst i hele Europa og Asien og til sidst byggede trickpaladser i Persien og Tyrkiet. Til sidst vendte han tilbage til Frankrig og startede sin egen byggefirma. Efter at være blevet udliciteret til at arbejde på Palais Garniers fundamenter, havde Erik diskret bygget sig et hul til at forsvinde i komplet med skjulte passager og andre tricks, der gjorde det muligt for ham at spionere på lederne.