Kollisioner med kometer og asteroider
I 1994 styrtede Comet Shoemaker-Levy 9, som var blevet opdaget det foregående år, ind i Jupiters atmosfære efter opdeling i mere end 20 fragmenter. De successive eksplosioner blev observeret af teleskoper på jordens overflade, det jordkredsløbende Hubble-teleskop og Galileo-rumfartøjet på vej til Jupiter. Kun Galileo så eksplosionerne direkte, fordi de opstod på bagsiden af Jupiter set fra jorden. Ikke desto mindre steg ildkuglerne produceret af de største fragmenter over planetens lemmer, og de resulterende sorte pletter i Jupiters skylag var synlige selv i små teleskoper, da Jupiters rotation førte dem til syne. Spektroskopiske undersøgelser afslørede, at påvirkningerne havde produceret eller leveret mange kemikalier såsom vand, hydrogencyanid og kulilte, stoffer der findes på Jupiter, men i meget mindre koncentrationer. Det overskydende kulilte og hydrogencyanid forblev detekterbare i den øvre atmosfære adskillige år efter begivenheden. Ud over dets iboende interesse stimulerede kolleten af en komet med Jupiter detaljerede undersøgelser af de effekter, som kometiske påvirkninger ville have på Jorden (se Jordens indvirkning).
I 2009 dukkede et mørkt sted op, der lignede dem, der blev efterladt af fragmenterne fra Comet Shoemaker-Levy 9, nær Jupiters sydpol. Da der kun blev set et sted, blev det antaget, at den påvirkende krop var en enkelt krop – enten en komet eller en asteroide – snarere end en kæde af fragmenter.