Så tidligt som i midten af det sekstende århundrede begyndte interessen for en kanal på tværs af den mellemamerikanske landmand at slå rod, primært ud af handelsinteresser. Den efterfølgende opdagelse af guld i Californien i 1848 ansporede yderligere interessen for at forbinde Atlanterhavet og Stillehavet og førte til opførelsen af Panama-jernbanen, som begyndte at fungere i 1855. Flere forsøg fra Frankrig på at konstruere en kanal mellem 1881 og 1894 mislykkedes på grund af til en kombination af økonomiske kriser og sundhedsfarer, herunder malaria og gul feber, hvilket førte til dødsfald for tusinder af franske arbejdere.
Da han blev præsident i 1901, var Roosevelt fast besluttet på at få succes, hvor andre havde svigtet. Efter det råd, Mahan fremsatte i sin bog The Influence of Seapower on History, forsøgte han at opnå opførelsen af en kanal på tværs af Mellemamerika, primært af militære årsager forbundet med imperium, men også af internationale handelshensyn. Det mest strategiske punkt for konstruktionen var på tværs af den halvtreds mil lange landskab i Panama, som ved århundredskiftet var en del af nationen Colombia. Roosevelt forhandlede med colombias regering, undertiden truende med at tage projektet væk og bygge gennem Nicaragua, indtil Colombia accepterede en traktat, der ville give De Forenede Stater en lejekontrakt på jorden over Panama til gengæld for en betaling på $ 10 millioner og en ekstra $ 250.000 årligt lejeafgift. Sagen var imidlertid langt fra afgjort. Det colombianske folk blev rasende over tabet af deres jord til USA og så betalingen som alt for lav. Under indflydelse af det offentlige oprør afviste det colombianske senat traktaten og informerede Roosevelt om, at der ikke ville være nogen kanal.
Roosevelt var uhørt, og valgte nu at bruge den “store pind.” I kommentarer til journalister gjorde han det klart, at USA kraftigt ville støtte det panamanske folk, hvis de vælger at gøre oprør mod Colombia og danne deres egen nation. I november 1903 sendte han endda amerikanske slagskibe til Colombias kyst, tilsyneladende til praksis manøvrer, da den panamanske revolution udfoldede sig. Krigsskibene blokerede effektivt Colombia fra at flytte yderligere tropper ind i regionen for at dæmpe det voksende panamanske oprør. Inden for en uge anerkendte Roosevelt straks det nye land Panama og bød dem velkommen til verdenssamfundet og tilbød dem samme betingelser – $ 10 millioner plus det årlige lejeafgift på $ 250.000 – havde han tidligere tilbudt Colombia. Efter den vellykkede revolution blev Panama et amerikansk protektorat og forblev det indtil 1939.
Når den panamanske sejr var sikret, med Amerikansk støtte, byggeri på kanalen begyndte i maj 1904. I det første driftsår arbejdede USA primært for at bygge ade boliger, cafeterier, lagre, maskinforretninger og andre elementer af infrastruktur, som tidligere franske bestræbelser ikke havde overvejet. Vigtigst er det, at introduktionen af gasningsanlæg og myggenet efter Dr. Walter Reeds opdagelse af myggens rolle i spredningen af malaria og gul feber reducerede dødeligheden og gendannede den spirende moral blandt arbejdere og amerikanskfødte tilsynsførere. På samme tid planlagde en ny bølge af amerikanske ingeniører til opførelsen af kanalen. Selvom de besluttede at bygge et låsesystem snarere end en havoverfladekanal, måtte arbejderne stadig udgrave over 170 millioner kubikjord med brug af over hundrede nye jernbanemonterede skovle. Spændt over arbejdet blev Roosevelt den første siddende amerikanske præsident, der forlod landet, mens han var på kontoret. Han rejste til Panama, hvor han besøgte byggepladsen, tog en drejning ved dampskovlen og fjernede snavs. Kanalen åbnede i 1914 og ændrede permanent verdenshandels- og militærforsvarsmønstre.
Tilbagevendende jordskred gjorde udgravningen af Culebra Cut til et af de mest teknisk udfordrende elementer i konstruktionen af Panamakanalen.