Las complicaciones incluyen «síndrome de hinchazón por gas», disfagia (dificultad para tragar), síndrome de dumping, cicatrización excesiva, lesión del nervio vago y, en raras ocasiones, acalasia. La funduplicatura también puede deshacerse con el tiempo en alrededor del 5 al 10% de los casos, lo que lleva a la recurrencia de los síntomas. Si los síntomas justifican una nueva cirugía, el cirujano puede usar Marlex u otra forma de malla artificial para fortalecer la conexión. Es posible el síndrome del intestino irritable posoperatorio, que dura aproximadamente 2 semanas.
En el «síndrome de hinchazón por gas», la fundoplicatura puede alterar la capacidad mecánica del estómago para eliminar el aire tragado mediante eructos, lo que lleva a una acumulación de gas en el estómago o el intestino delgado. Los datos varían, pero puede ocurrir cierto grado de hinchazón por gas hasta en el 41% de los pacientes con Nissen, mientras que la ocurrencia es menor en los pacientes que se someten a una funduplicatura anterior parcial. El síndrome de hinchazón por gases suele autolimitarse en 2 a 4 semanas, pero en algunos casos puede persistir. El gas causante también puede provenir de fuentes dietéticas (especialmente bebidas carbonatadas) o de la ingestión involuntaria de aire (aerofagia). Si el síndrome de hinchazón por gas posoperatorio no se resuelve con el tiempo, pueden ser necesarias restricciones dietéticas, asesoramiento sobre aerofagia y corrección, ya sea mediante dilatación endoscópica con balón o cirugía repetida para modificar la fundoplicatura de Nissen a una fundoplicatura parcial.
El vómito es a veces imposible o, si no, muy doloroso después de una funduplicatura, y la probabilidad de que esta complicación disminuya típicamente en los meses posteriores a la cirugía. En algunos casos, el propósito de esta operación es corregir los vómitos excesivos. Inicialmente, el vómito es imposible; sin embargo, pueden producirse pequeñas cantidades de vómito después de que la venda se asiente con el tiempo y, en casos extremos, como intoxicación por alcohol o intoxicación alimentaria, el paciente puede vomitar libremente con algo de dolor.