Las autoridades de París eligieron un sitio de fácil acceso que estaba, en ese momento, ubicado fuera de la capital: las antiguas canteras de Tombe-Issoire bajo la llanura de Montrouge. En funcionamiento desde al menos el siglo XV y luego abandonadas, estas canteras eran una pequeña parte del laberinto que se extendía bajo la ciudad sobre aproximadamente 800 hectáreas. La preparación del sitio y la organización de las transferencias óseas se confiaron a Charles Axel Guillaumot, inspector del Departamento de Inspección General de Canteras. La misión de este departamento, que había sido fundado el 4 de abril de 1777 por Luis XVI, era consolidar las canteras abandonadas tras los importantes derrumbes del suelo bajo París a mediados del siglo XVIII.
Las primeras evacuaciones se realizaron entre 1785 y 1787 y se referían al cementerio más grande de París, el cementerio de los Santos-Inocentes, que había sido cerrado en 1780 después de un uso consecutivo durante casi diez siglos. Las tumbas, fosas comunes y osario fueron vaciados de sus huesos, que fueron transportados por la noche para evitar reacciones hostiles de la población parisina y de la Iglesia. Los huesos se vertieron en dos pozos de cantera y luego los trabajadores de la cantera los distribuyeron y apilaron en las galerías. Los traslados continuaron después de la Revolución Francesa hasta 1814, con la supresión de cementerios parroquiales, como Saint-Eustache, Saint-Nicolas-des-Champs y el Convento de Bernardins, en el centro de París. Fueron reiniciados en 1840, durante la renovación urbana de Louis-Philippe y la reconfiguración haussmanniana de la ciudad de 1859 a 1860. El sitio fue consagrado como el «Osario Municipal de París» el 7 de abril de 1786 y, a partir de ese momento, tomó el mítico nombre de «Catacumbas», en referencia a las catacumbas romanas, que habían fascinado al público desde su descubrimiento.
A partir de 1809, las Catacumbas se abrieron al público con cita previa. Se colocó un registro al final del circuito, donde los visitantes podían escribir sus impresiones. Se llenó muy rápidamente porque estas visitas se habían convertido rápidamente en un éxito tanto para los franceses como para los extranjeros. Con el paso de los años, el osario se convirtió en el lugar de descanso de muchos personajes ilustres. En 1787, el Conde de Artois, futuro Carlos X, visitó el lugar en compañía de un grupo de damas de la corte; en 1814, Francisco I, el emperador de Austria, realizó una gira por allí; y en 1860, Napoleón III descendió a las catacumbas con su hijo.
Durante el siglo XIX, los arreglos de visitas cambiaron constantemente, desde el cierre total hasta las aperturas mensuales o trimestrales. Las Catacumbas de París ahora están abiertas a todo el mundo sin necesidad de autorización y reciben a casi 550.000 visitantes al año.