Morales entrevistando a Jill Biden en la Casa Blanca en 2016.
Después de la universidad, Morales trabajó en Chase Bank antes de dedicarse a su carrera de periodista. Comenzó su carrera en el aire en News 12 – The Bronx como la primera presentadora de la mañana en News 12 – El primer director de noticias del Bronx, Roberto Soto, y los directores de estudio originales Tom D’Elia, Brian Webb, Darryl Stith y David Rein . También se desempeñó como operadora de cámara, editora y productora para esa cadena.
Morales se desempeñó como presentadora / reportera de fin de semana y copresentadora matutina en WVIT-TV en Hartford, Connecticut, donde Informó sobre los tiroteos en Columbine, el huracán Floyd, las elecciones presidenciales de 2000 y los ataques del 11 de septiembre de 2001. También copresidió e informó para el documental nominado al Emmy, Save Our Sound, una producción conjunta con WNBC sobre la preservación de Long Island Sound. En 1999, fue votada como una de las 50 latinas más influyentes por su cobertura de noticias y reportajes del diario hispano El Diario La Prensa. Anteriormente, Morales pasó dos años trabajando entre bastidores en Court TV.
Morales fue presentador y corresponsal de MSNBC desde 2002 hasta 200 6. Cubrió varias noticias importantes allí, incluidas las elecciones presidenciales de 2004, los Juegos Olímpicos de verano de 2004 en Atenas, Grecia, el abuso de los prisioneros iraquíes, la Operación Libertad Iraquí, el desastre del transbordador espacial Columbia, el apagón del noreste de 2003, el Beltway de 2002 ataques de francotiradores y la investigación y juicio de Scott Peterson. Además, fue nombrada una de las principales pioneras de la revista Hispanic Magazine de 2003.
Morales se unió al programa Today en 2006 como corresponsal nacional y fue nombrada copresentadora de la tercera hora del programa en marzo de 2008. El 9 de mayo de 2011, se anunció que Morales reemplazaría a Ann Curry como presentadora de noticias de Today, cuando Curry sucedió a Meredith Vieira como presentadora de Today en junio de 2011. En 2016 se anunció que Morales se trasladaría al oeste para presentar Access y conviértase en el Today Show West Anchor. En 2019, Morales dejó de ser anfitrión de Access y se mantuvo como el presentador de Today Show West Coast.