Colisiones con cometas y asteroides
En 1994, el cometa Shoemaker-Levy 9, que había sido descubierto el año anterior, se estrelló contra la atmósfera de Júpiter después de romperse en más de 20 fragmentos. Las sucesivas explosiones fueron observadas por telescopios en la superficie de la Tierra, el Telescopio Espacial Hubble que orbita la Tierra y la nave espacial Galileo en ruta a Júpiter. Solo Galileo vio las explosiones directamente porque ocurrieron en la parte posterior de Júpiter visto desde la Tierra. Sin embargo, las bolas de fuego producidas por los fragmentos más grandes se elevaron por encima de la extremidad del planeta, y las manchas negras resultantes en las capas de nubes de Júpiter fueron visibles incluso en pequeños telescopios cuando la rotación de Júpiter las hizo visibles. Los estudios espectroscópicos revelaron que los impactos habían producido o liberado muchas sustancias químicas como agua, cianuro de hidrógeno y monóxido de carbono, sustancias que existen en Júpiter pero en concentraciones mucho más pequeñas. El exceso de monóxido de carbono y cianuro de hidrógeno permaneció detectable en la atmósfera superior varios años después del evento. Además de su interés intrínseco, la colisión de un cometa con Júpiter estimuló estudios detallados de los efectos que tendrían los impactos de cometas en la Tierra (ver Peligro de impacto en la Tierra).
En 2009, una mancha oscura similar a las que dejaron los fragmentos del cometa Shoemaker-Levy 9 apareció cerca del polo sur de Júpiter. Como solo se vio una mancha, se creía que el cuerpo impactante era un solo cuerpo, ya sea un cometa o un asteroide, en lugar de una cadena de fragmentos.