Spilotro és testvére, Michael 1986. június 14-én tűntek el, miután együtt elhajtottak Michael Oak Park otthonából. Michael felesége, Anne, mindkét testvérről júniusban számolt be. 16. Michael autóját, egy 1986-os Lincoln-t néhány nappal később az O “Hare Nemzetközi Repülőtér közelében lévő motel parkolójában hozták vissza. Június 22-én holttestüket megtalálták, egyiket a másik fölött, és alsó nadrágjukig levetkőztették, és egy kukoricatáblába temették el a Willow Slough természetvédelmi területen, az indiai Enos közelében. A frissen megfordult földet egy gazda vette észre, aki úgy gondolta, hogy a szezonban leölt szarvas maradványait egy orvvadász temette el, és erről értesítette a hatóságokat. A június 24-én befejezett boncolás halálos okukat tompa erő traumaként azonosította, és megállapította, hogy június 14. óta halottak. Őket fogorvosi testvérük, Patrick Spilotro által készített fogászati táblázatokkal azonosították. Kettejüket június 27-én temették el egy családi telken a Queen of Heaven temetőben, Hillside-ben (Illinois).
1986 januárjában, Joseph Aiuppa és John Cerone bebörtönzése nyomán Las Vegas-i kaszinó lemosása miatt. nyereséget, az Illinois-i North Riverside-i Cseh páholyban találkozót tartottak. A legtöbb “felső réteg” ott volt, köztük az Outfit főnöke, Tony “Joe Batters” Accardo. Accardo úgy döntött, hogy Samu Carlistit nevezi ki az utcai főnöknek, aki az Outfit műveleteit irányítja Aiuppa helyére. Carlisi elmondta a csoportnak, hogy Accardo továbbra is ügyesebb marad, és végső szót fog mondani, valamint Gus Alex marad a kapcsolati srácok vezetője. Ezután folytatta az első problémát: Spilotro-t, és azt, hogy a dolgok hogyan mentek le, mióta átvette Vegas vezetését. Rocco Infelice maffiózó és maffiavédő azt mondta: “Üsd meg.” Az ülésen mindenki más egyetértett. Spilotro helyét Las Vegasban Donald “Az esélyek varázslója” Angelini vette át.
Bár az eredeti jelentések szerint a Spilotrókat megverték és eltemették az indiai Enosóban, a kukoricatáblán, Nicholas Calabrese maffiózó tanúskodott az “Operációban”. Családi titkok “2007-ben, amikor a testvéreket először egy illinois-i Bensenville alagsorában gyilkolták meg, ahol a Spilotrosok úgy gondolták, hogy Michael be lesz vezetve a The Outfitbe, majd testüket a kukoricatáblára szállítják. A bíróság tanúsága szerint, amikor Tony belépett az alagsorba, és rájött, hogy mi fog történni, megkérdezte, hogy tud-e “imát mondani”.
Csak 2005. április 25-ig tartóztattak le, amikor a A chicagói ruhát (köztük híres főnök, James Marcello) 18 gyilkosságért vádolták, köztük a Spilotrókat is. “A gyanúsított gyilkosok között volt Albert Tocco capo, az illinoisi Chicago Heightsból, akit 1990-ben 200 év börtönre ítéltek, miután felesége tanúskodott Azt vallotta, hogy 1986-ban elűzte férjét egy Indianai kukoricatábláról, ahol azt mondta neki, hogy éppen eltemette Spilotrót.
2007. május 18-án a kormány sztár tanúja volt a kormány ellen 14 chicagói tömeg, Nicholas Calabrese bűnösnek vallotta magát, hogy részt vett egy összeesküvésben, amely 18 gyilkosságot tartalmazott, köztük Anthony és Michael Spilotro slágereit. Nagy biztonság mellett Calabrese beismerte, hogy részt vett a gyilkosságok 14 tervezésében vagy végrehajtásában, beleértve a Spilotro-gyilkosságokat is. Kiemelt tanúja lett testvérének, Id. Frank Calabrese-nek és a kormány többi családtitkának tárgyalásán vádolt többi nagy tömegnek. Calabrese beleegyezett a tanúvallomásba, miután az FBI DNS-bizonyítékot mutatott rá, amely összekapcsolták hittársaik meggyilkolásával. John Fecarotta, aki állítólag részt vett a Spilotro meggyilkolásában.
2007 szeptemberében idősebb Frank Calabrese és négy másik férfi – Marcello, Joseph Lombardo, Paul “The Indian” Schiro és egykori Chicago Anthony “Twan” Doyle rendőrtisztet – tömeggel kapcsolatos bűncselekmények miatt ítélték el. 2007. szeptember 27-én a szövetségi esküdtszék bűnösnek találta Marcellót mindkét Spilotro testvér meggyilkolásában. 2009. február 5-én Marcellót életfogytiglanra ítélték. a Spilotro-gyilkosságokért, és James Zagel, az Egyesült Államok kerületi bírója, egyetértve Markus Funk szövetségi ügyész előadásával, Marcellót is felelősnek találta a D “Andrea-gyilkosságért, annak ellenére, hogy az esküdtszék elakadt ebben a számban. 2009. március 26-án Nicholas Calabrese-t 12 év és négy hónap börtönbüntetésre ítélték.
A Maxim magazinnak adott 2010-es interjúban, miközben elősegítette a Las Vegas Mob Experience megnyitását a Tropicana Hotelben, Tony Spilotro-ban. “Vincent fia azt állította, hogy az igazi célpont Michael nagybátyja volt, és Tony-t megölték, hogy megakadályozzák a bosszút.