A párizsi hatóságok egy könnyen elérhető helyet választottak, amely akkoriban a fővároson kívül volt: a volt Tombe-Issoire kőbányákat a montrouge-i síkság alatt. Legalább a tizenötödik század óta működnek, majd elhagyják ezeket a kőbányákat, amelyek a város alatt mintegy 800 hektáron kiterjedő labirintus kis részét képezték. A helyszín előkészítését és a csonttranszferek megszervezését Charles Axel Guillaumotra, az Általános Kőbánya Ellenőrzési Főosztály ellenőrére bízták. Ennek az osztálynak, amelyet XVI. Lajos 1777. április 4-én alapított, az volt a feladata, hogy megszilárdítsa az elhagyott kőbányákat a XVIII. Század közepén Párizs alatt bekövetkezett jelentős földromlások után.
Az első kiürítéseket 1785 és 1787 között hajtották végre, és Párizs legnagyobb temetőjére, a Saints-Innocents temetőre vonatkoztak, amelyet közel tíz évszázadon keresztül 1780-ban bezártak. A sírokat, a közös sírokat és a karmel házat kiürítették csontjaikból, amelyeket éjszaka szállítottak, hogy elkerüljék a párizsi lakosság és az egyház ellenséges reakcióit. A csontokat két kőbányakútba dobták, majd a kőfejtő munkásai szétosztották és a galériákba halmozták. Az átszállások a francia forradalom után 1814-ig folytatódtak, a Párizs központjában lévő egyházközségi temetők, például Saint-Eustache, Saint-Nicolas-des-Champs és Bernardins kolostor elnyomásával. Ezeket 1840-ben kezdték újra, Louis-Philippe városfelújításakor és a város Haussmann-féle átalakításakor 1859 és 1860 között. A helyszínt 1786 április 7-én “párizsi városi részlegnek” szentelték, és ettől kezdve: felvette a “katakombák” mitikus nevét, utalva a római katakombákra, amelyek felfedezésük óta lenyűgözték a közönséget.
1809-től kezdődően a katakombákat kinevezéssel nyitották meg a nyilvánosság előtt. A körút végén nyilvántartást helyeztek el, ahova a látogatók megírhatták benyomásaikat. Nagyon gyorsan kitöltötték, mert ezek a látogatások gyorsan sikeresek lettek mind a franciák, mind a külföldiek körében. Az évek múlásával az oszsuary sok jeles egyén nyughelyévé vált. 1787-ben Artois grófja, a leendő X. Károly udvarhölgyek csoportja társaságában látogatta meg a helyszínt; 1814-ben I. Ferenc osztrák császár túrát tett ott; 1860-ban pedig III. Napóleon fiával együtt a katakombákba ereszkedett.
A XIX. század folyamán a látogatási szokások folyamatosan változtak, a teljes zárástól a havi vagy negyedéves nyitásig. A párizsi katakombák ma már mindenki számára engedély nélkül hozzáférhetőek, és évente csaknem 550 000 látogatót fogadnak.