Ezt a technikát az 1980-as évek végén fejlesztették ki, és hatékony módszer detektálja a transzlokációkat (a kromoszómák közötti átrendeződések).
A FISH kialakulásához minden emberi kromoszómát el kellett különíteni. Ezt követően az ezekből a kromoszómákból származó DNS-t széttöredezték és baktériumsejtekbe helyezték annak amplifikálása céljából (sok másolatot produkálva). Ily módon az egyes kromoszómákból nagyszámú DNS-példány nyerhető. . A fluoreszcensen jelölt DNS-ek ahhoz az analóg kromoszómához kapcsolódnak, amelyből származnak. (Az azonos bázisszekvenciájú DNS-fragmenseknek az a tulajdonságuk, hogy egymáshoz kapcsolódnak.)
Ilyen módon, ha egy festett kromoszóma egy része (például sárga) kicserélődött volna egy másik, nem festett kromoszómák (foltos vörös), lehetséges az aberráció kimutatása (reciprok transzlokációnak nevezik), mivel az aberráns kromoszóma sárga és vörös szegmenseket egyaránt tartalmaz. Általában egy kétszínű kromoszóma pár detektálható egy metafázisban, mert két kromoszóma tipikusan kicseréli DNS-jük egy részét.
A reciprok transzlokációkat nehéz kimutatni, ha a teljes kromoszóma-készletet egyszeresen festjük meg. anyag, például Giemsával. Képzeljünk el például egy esetet, amellyel a két kicserélt szegmens hasonló hosszúságú volt. A két áttelepített kromoszómának teljesen normálisnak kell lennie, mind alakjában, mind hosszában. Ha azonban a FISH-t alkalmazzuk, az ilyen transzlokáció egyértelműen kimutatható.
ábra. Példa a FISH-kezelt metafázisú kromoszómákra
Itt az 1., 2. és 4. kromoszómát sárga színnel jelöltük FISH-szal, a többi kromoszómát pedig pirosra festettük. A sárga és a vörös kromoszómák közötti transzlokációkat detektálják. A bal oldali kép normál sejtet ábrázol (az ábrán látható számok a kromoszóma számát jelzik), a jobb oldali kép pedig a két kétszínű kromoszómával történő kölcsönös transzlokáció példája (két nyíllal jelölve).