A szövődmények közé tartozik a “gázpuffadás szindróma”, a dysphagia (nyelési nehézség), a dömping szindróma, a túlzott hegesedés, a vagus ideg sérülése és ritkán az achalasia. A fundoplikáció idővel az esetek 5-10% -ában is visszavonható, ami a tünetek megismétlődéséhez vezet. Ha a tünetek ismételt műtétet indokolnak, a sebész Marlex-t vagy más műháló-formát használhat a kapcsolat megerősítésére. A nagyjából 2 hétig tartó posztoperatív irritábilis bél szindróma lehetséges.
A „gázpuffadás szindróma” esetén a fundoplikáció megváltoztathatja a gyomor mechanikai képességét, hogy böfögéssel megszüntesse a lenyelt levegőt, ami a gáz a gyomorban vagy a vékonybélben. Az adatok eltérőek, de a Nissen-betegek 41% -ánál bizonyos mértékű gáz-duzzanat előfordulhat, míg a részleges elülső fundoplikáción átesett betegeknél ez kevésbé fordul elő. A gázpuffadás szindróma általában 2–4 héten belül önkorlátozó, de egyesekben fennmaradhat. A vétkes gáz táplálkozási forrásokból (különösen szénsavas italokból) vagy a levegő önkéntelen lenyeléséből (aerofágia) is származhat. Ha a posztoperatív gas-bloat szindróma idővel nem oldódik meg, szükség lehet étrendi korlátozásokra, tanácsadásra az aerophagia vonatkozásában és a korrekcióra – akár endoszkópos ballon dilatációval, akár ismételt műtéttel a Nissen fundoplikáció részleges fundoplikációra való átdolgozására.
A hányás néha lehetetlen, vagy ha nem, nagyon fájdalmas egy fundoplikáció után, ennek a szövődménynek a valószínűsége jellemzően csökken a műtétet követő hónapokban. Bizonyos esetekben ennek a műveletnek a célja a túlzott hányás kijavítása. Kezdetben a hányás lehetetlen; kis mennyiségű hányás keletkezhet azonban, miután a pakolás idővel rendeződik, és szélsőséges esetekben, például alkohol- vagy ételmérgezés esetén a beteg bizonyos mennyiségű fájdalommal szabadon hányhat.