Spilotro e suo fratello Michael sono scomparsi il 14 giugno 1986, dopo essere andati via insieme dalla casa di Michael a Oak Park. La moglie di Michael, Anne, ha denunciato la scomparsa di entrambi i fratelli a giugno 16. L’auto di Michael, una Lincoln del 1986, fu ritrovata diversi giorni dopo nel parcheggio di un motel vicino all’aeroporto internazionale O’Hare. Il 22 giugno, i loro corpi furono trovati, uno sopra l’altro e ridotti ai pantaloncini, sepolti in un campo di grano nella riserva di Willow Slough vicino a Enos, nell’Indiana. La terra appena girata era stata notata da un contadino che pensava che i resti di un cervo ucciso fuori stagione fossero stati sepolti lì da un bracconiere e le autorità lo avevano informato. Un’autopsia completata il 24 giugno ha identificato la loro causa di morte come un trauma da corpo contundente e ha accertato che erano morti dal 14 giugno. Sono stati identificati dalle cartelle cliniche fornite dal fratello dentista, Patrick Spilotro. I due furono sepolti in un terreno di famiglia al Queen of Heaven Cemetery di Hillside, Illinois, il 27 giugno.
Nel gennaio 1986, all’indomani della prigionia di Joseph Aiuppa e John Cerone per aver scremato il casinò di Las Vegas profitti, si tenne una riunione presso la Czech Lodge a North Riverside, Illinois. La maggior parte dei “ranghi superiori” erano presenti, incluso il boss della tenuta Tony “Joe Batters” Accardo. Accardo aveva deciso di nominare Samuel Carlisi come “Street Boss” incaricato delle operazioni di Outfit per sostituire Aiuppa. Carlisi ha detto al gruppo che Accardo sarebbe rimasto come consigliere e avrebbe avuto l’ultima parola, così come Gus Alex sarebbe rimasto a capo dei ragazzi della connessione. Poi è passato al primo problema: Spilotro, e come erano andate le cose da quando aveva rilevato Vegas. Il mafioso e sicario Rocco Infelice ha detto “Colpiscilo”. Tutti gli altri alla riunione erano d’accordo. Spilotro è stato sostituito a Las Vegas da Donald “The Wizard of Odds” Angelini.
Sebbene i rapporti originali affermassero che gli Spilotro erano stati picchiati e sepolti a Enos, Indiana, campo di grano, il mafioso Nicholas Calabrese ha testimoniato all’operazione ” Segreti di famiglia “nel 2007 che i fratelli furono uccisi in un seminterrato di Bensenville, Illinois, prima, dove gli Spilotros credevano che Michael sarebbe stato introdotto in The Outfit, poi i loro corpi furono trasportati nel campo di grano. Secondo la testimonianza del tribunale, quando Tony è entrato nel seminterrato e si è reso conto di cosa stava per accadere, ha chiesto se poteva “dire una preghiera”.
Nessun arresto è stato effettuato fino al 25 aprile 2005, quando 14 membri di The Chicago Outfit (compreso il noto capo James Marcello) sono stati incriminati per 18 omicidi, inclusi gli Spilotros “. I sospetti assassini includevano il capo Albert Tocco di Chicago Heights, Illinois, condannato a 200 anni di carcere nel 1990, dopo che sua moglie aveva testimoniato contro di lui. Ha testimoniato che, nel 1986, ha cacciato suo marito da un campo di grano dell’Indiana dove le ha detto di aver appena seppellito Spilotro.
Il 18 maggio 2007, il testimone principale del caso del governo contro 14 personaggi della mafia di Chicago, Nicholas Calabrese, si è dichiarato colpevole di aver preso parte a una cospirazione che includeva 18 omicidi, inclusi i successi su Anthony e Michael Spilotro. Sotto forte sicurezza, Calabrese ha ammesso di aver preso parte alla pianificazione o alla realizzazione di 14 degli omicidi, compresi quelli di Spilotro. È diventato il testimone chiave contro suo fratello, Frank Calabrese, Sr., e altri importanti personaggi della mafia accusati nel processo sui segreti della famiglia del governo. Calabrese ha accettato di testimoniare dopo che l’FBI gli ha mostrato prove del DNA che lo collegano all’omicidio di un compagno colpito- l’uomo John Fecarotta, presumibilmente coinvolto anche negli omicidi Spilotro.
Nel settembre 2007, Frank Calabrese, Sr. e altri quattro uomini: Marcello, Joseph Lombardo, Paul “The Indian” Schiro e l’ex Chicago L’agente di polizia Anthony “Twan” Doyle è stato condannato per crimini legati alla mafia. Il 27 settembre 2007, Marcello è stato dichiarato colpevole da una giuria federale per gli omicidi di entrambi i fratelli Spilotro. Il 5 febbraio 2009, Marcello è stato condannato all’ergastolo per gli omicidi Spilotro, e il giudice distrettuale degli Stati Uniti James Zagel, d’accordo con la presentazione fatta dal procuratore federale Markus Funk, ha ritenuto Marcello responsabile anche dell’omicidio D “Andrea, anche se la giuria era bloccata su quel punto. Il 26 marzo 2009, Nicholas Calabrese è stato condannato a 12 anni e quattro mesi di reclusione.
In un’intervista del 2010 con la rivista Maxim, mentre promuoveva l’apertura della Las Vegas Mob Experience al Tropicana Hotel, Tony Spilotro “Il figlio Vincent ha affermato che il vero obiettivo era suo zio Michael, e Tony è stato ucciso per evitare qualsiasi vendetta.