Morales intervista Jill Biden alla Casa Bianca nel 2016.
Dopo il college, Morales ha lavorato alla Chase Bank prima di intraprendere la carriera di giornalista. Ha iniziato la sua carriera in onda a News 12 – The Bronx come prima presentatrice mattutina sotto News 12 – Il primo direttore delle notizie del Bronx, Roberto Soto, e i direttori originali dello studio Tom D’Elia, Brian Webb, Darryl Stith e David Rein . Ha anche lavorato come operatore di ripresa, montatore e produttore per quella rete.
Morales ha continuato a servire come conduttrice / giornalista del fine settimana e co-conduttrice mattutina alla WVIT-TV di Hartford, Connecticut, dove ha raccontato delle sparatorie alla Columbine, dell’uragano Floyd, delle elezioni presidenziali del 2000 e degli attacchi dell’11 settembre 2001. Ha anche co-ospitato e riportato per il documentario nominato agli Emmy, Save Our Sound, una produzione congiunta con WNBC sulla conservazione di Long Island Suono. Nel 1999, è stata votata come una delle 50 latine più influenti per la sua copertura giornalistica e i suoi rapporti dal quotidiano ispanico El Diario La Prensa. In precedenza, Morales ha trascorso due anni lavorando dietro le quinte a Court TV.
Morales è stato ancora e corrispondente per MSNBC dal 2002 al 200 6. Ha coperto una serie di notizie importanti tra cui le elezioni presidenziali del 2004, le Olimpiadi estive del 2004 ad Atene, in Grecia, gli abusi sui prigionieri iracheni, l’Operazione Iraqi Freedom, il disastro dello Space Shuttle Columbia, il Northeast Blackout del 2003, la Beltway del 2002 attacchi da cecchino e le indagini e il processo di Scott Peterson. Inoltre, è stata nominata uno dei migliori trendsetter del 2003 dalla rivista Hispanic.
Morales è entrata a far parte del programma Today nel 2006 come corrispondente nazionale ed è stata nominata co-conduttrice della terza ora dello spettacolo nel marzo 2008. Il 9 maggio 2011, è stato annunciato che Morales avrebbe sostituito Ann Curry come conduttore di notizie per Today, quando Curry è succeduto a Meredith Vieira come ospite di Today nel giugno 2011. Nel 2016 è stato annunciato che Morales si sarebbe spostato a ovest per ospitare Access e diventare il Today Show West Anchor. Nel 2019 Morales ha abbandonato l’hosting di Access ed è rimasto l’ancora del Today Show sulla costa occidentale.