Le autorità parigine scelsero un sito facilmente accessibile che all’epoca si trovava fuori dalla capitale: le ex cave di Tombe-Issoire sotto la pianura di Montrouge. In funzione almeno dal XV secolo e poi abbandonate, queste cave costituivano una piccola parte del labirinto che si estendeva sotto la città per circa 800 ettari. La preparazione del sito e l’organizzazione dei trasferimenti ossei sono stati affidati a Charles Axel Guillaumot, un ispettore presso il Dipartimento di ispezione generale delle cave. La missione di questo dipartimento, che era stato fondato il 4 aprile 1777 da Luigi XVI, era di consolidare le cave abbandonate a seguito di grandi crolli del terreno sotto Parigi a metà del XVIII secolo.
Le prime evacuazioni furono effettuate dal 1785 al 1787 e riguardarono il più grande cimitero di Parigi, il cimitero dei Santi Innocenti, che era stato chiuso nel 1780 dopo un uso consecutivo per quasi dieci secoli. Le tombe, le fosse comuni e l’ossario furono svuotati delle loro ossa, che venivano trasportate di notte per evitare reazioni ostili da parte della popolazione parigina e della Chiesa. Le ossa sono state scaricate in due pozzi di cava e poi distribuite e ammucchiate nelle gallerie dagli operai della cava. I trasferimenti proseguirono dopo la Rivoluzione francese fino al 1814, con la soppressione dei cimiteri parrocchiali, come Saint-Eustache, Saint-Nicolas-des-Champs e il Convento dei Bernardins, nel centro di Parigi. Furono ricominciati nel 1840, durante la ristrutturazione urbana di Luigi Filippo e la riconfigurazione haussmanniana della città dal 1859 al 1860. Il sito fu consacrato come “Ossario municipale di Parigi” il 7 aprile 1786 e, da quel momento in poi, prese il mitico nome di “Catacombe”, in riferimento alle catacombe romane, che avevano affascinato il pubblico sin dalla loro scoperta.
A partire dal 1809, le Catacombe furono aperte al pubblico su appuntamento. Un registro è stato posto alla fine del circuito, dove i visitatori potevano scrivere le loro impressioni. È stato riempito molto rapidamente perché queste visite erano diventate rapidamente un successo sia con i francesi che con gli stranieri. Con il passare degli anni l’ossario divenne il luogo di riposo di molti personaggi illustri. Nel 1787, il Conte d’Artois, il futuro Carlo X, visitò il sito in compagnia di un gruppo di dame di corte; nel 1814, Francesco I, l’imperatore austriaco, vi fece un giro; e nel 1860 Napoleone III scese nelle catacombe con suo figlio.
Durante il diciannovesimo secolo, le modalità di visita sono cambiate costantemente, dalla chiusura totale alle aperture mensili o trimestrali. Le Catacombe di Parigi sono ora aperte a tutti senza richiedere autorizzazione e accolgono quasi 550.000 visitatori all’anno.