De autoriteiten van Parijs kozen voor een gemakkelijk toegankelijke site die destijds buiten de hoofdstad lag: de voormalige Tombe-Issoire-steengroeven onder de vlakte van Montrouge. Deze steengroeven waren minstens in de vijftiende eeuw in gebruik en toen verlaten, vormden een klein deel van het labyrint dat zich over ongeveer 800 hectare onder de stad uitstrekte. De voorbereiding van de site en de organisatie van bottransfers werden toevertrouwd aan Charles Axel Guillaumot, een inspecteur bij de afdeling Algemene steengroeve-inspectie. De missie van dit departement, dat op 4 april 1777 door Lodewijk XVI was gesticht, was om de verlaten steengroeven te consolideren na grote instortingen van de grond onder Parijs in het midden van de achttiende eeuw.
De eerste evacuaties vonden plaats van 1785 tot 1787 en betroffen de grootste begraafplaats in Parijs, de Saints-Innocents-begraafplaats, die in 1780 was gesloten na bijna tien eeuwen achtereenvolgend gebruik. De graven, gemeenschappelijke graven en knekelhuis werden ontdaan van hun botten, die ’s nachts werden vervoerd om vijandige reacties van de Parijse bevolking en de kerk te vermijden. De botten werden in twee steengroeveputten gedumpt en vervolgens door de steengroeve-arbeiders verdeeld en opgestapeld in de galerijen. Overdrachten gingen door na de Franse Revolutie tot 1814, met de opheffing van parochiale begraafplaatsen, zoals Saint-Eustache, Saint-Nicolas-des-Champs en het Bernardins-klooster, in het centrum van Parijs. Ze werden opnieuw begonnen in 1840, tijdens de stadsvernieuwing door Louis-Philippe en de Haussmanniaanse herconfiguratie van de stad van 1859 tot 1860. De site werd ingewijd als het “Gemeentelijk Ossuarium van Parijs” op 7 april 1786, en vanaf die tijd, nam de mythische naam “Catacomben” aan, verwijzend naar de Romeinse catacomben, die het publiek hadden gefascineerd sinds hun ontdekking.
Vanaf 1809 werden de catacomben op afspraak voor het publiek geopend. Aan het einde van het circuit was een register geplaatst waar bezoekers hun indrukken konden opschrijven. Het was erg snel gevuld omdat deze bezoeken snel een succes waren geworden bij zowel de Fransen als buitenlanders. Met het verstrijken van de jaren werd het ossuarium de rustplaats van veel illustere individuen. In 1787 bezocht de graaf van Artois, de toekomstige Karel X, de site in het gezelschap van een groep hofdames; in 1814 maakte Frans I, de Oostenrijkse keizer, een rondreis; en in 1860 daalde Napoleon III met zijn zoon af in de catacomben.
Tijdens de negentiende eeuw veranderden de bezoekarrangementen voortdurend, van totale sluiting tot maandelijkse of driemaandelijkse openingen. De Catacomben van Parijs zijn nu voor iedereen toegankelijk zonder toestemming en verwelkomen jaarlijks bijna 550.000 bezoekers.