Complicaties zijn onder meer “gas bloat-syndroom”, dysfagie (moeite met slikken), dumpingsyndroom, overmatige littekens, nervus vagusletsel en zelden achalasie. De fundoplicatie kan na verloop van tijd in ongeveer 5-10% van de gevallen ook ongedaan worden gemaakt, wat leidt tot herhaling van de symptomen. Als de symptomen een herhalingsoperatie rechtvaardigen, kan de chirurg Marlex of een andere vorm van kunstmatige mesh gebruiken om de verbinding te versterken. Postoperatief prikkelbare-darmsyndroom, dat ongeveer 2 weken aanhoudt, is mogelijk.
Bij het “gas-bloat-syndroom” kan fundoplicatie het mechanische vermogen van de maag om ingeslikte lucht te elimineren door oprispingen veranderen, wat leidt tot een opeenhoping van gas in de maag of dunne darm. De gegevens variëren, maar bij maar liefst 41% van de Nissen-patiënten kan een zekere mate van gasophoping optreden, terwijl dit minder voorkomt bij patiënten die een gedeeltelijke anterieure fundoplicatie ondergaan. Gas bloat-syndroom is meestal zelflimiterend binnen 2 tot 4 weken, maar in sommige gevallen kan het aanhouden. Het aanstootgevende gas kan ook afkomstig zijn van voedingsbronnen (vooral koolzuurhoudende dranken) of onvrijwillig inslikken van lucht (aerofagie). Als het postoperatieve gas-bloat-syndroom na verloop van tijd niet verdwijnt, kunnen dieetbeperkingen, counseling met betrekking tot aerofagie en correctie – hetzij door endoscopische ballondilatatie of een herhaalde operatie om de Nissen-fundoplicatie te herzien naar een gedeeltelijke fundoplicatie – nodig zijn.
Braken is soms onmogelijk of, zo niet, erg pijnlijk na een fundoplicatie, waarbij de kans op deze complicatie doorgaans afneemt in de maanden na de operatie. In sommige gevallen is het doel van deze operatie om overmatig braken te corrigeren. In eerste instantie is braken onmogelijk; er kunnen echter kleine hoeveelheden braaksel worden geproduceerd nadat de wikkel in de loop van de tijd is bezonken, en in extreme gevallen, zoals alcoholvergiftiging of voedselvergiftiging, kan de patiënt vrij kunnen braken met enige pijn.