In de jaren 1880, in Parijs, wordt aangenomen dat het Palais Garnier Opera House wordt achtervolgd door een entiteit die bekend staat als de Phantom of the Opera, of gewoon de Opera Ghost. Een toneelknecht genaamd Joseph Buquet wordt opgehangen aangetroffen, de strop om zijn nek ontbreekt.
Tijdens een galavoorstelling voor de pensionering van de twee managers van het operahuis, wordt een jonge, weinig bekende Zweedse sopraan, Christine Daaé, opgeroepen om te zingen in plaats van de leidende sopraan van de Opera, Carlotta, die ziek is, en Christine’s optreden is een verbluffend succes. De Vicomte Raoul de Chagny, die bij de voorstelling aanwezig was, herkent haar als zijn speelkameraad uit zijn jeugd en herinnert zich zijn liefde voor haar. Hij probeert haar backstage te bezoeken, waar hij vanuit haar kleedkamer een man hoort complimenteren. Hij onderzoekt de kamer zodra Christine vertrekt, maar vindt deze leeg.
In Perros-Guirec ontmoet Christine Raoul, die haar confronteert met de stem die hij in haar kamer hoorde. Christine vertelt hem dat ze les heeft gehad van de Angel of Music, over wie haar vader hen vertelde. Als Raoul suggereert dat ze misschien het slachtoffer is van een grap, stormt ze weg. Christine bezoekt op een avond het graf van haar vader, waar een mysterieuze figuur verschijnt en viool voor haar speelt. Raoul probeert het te confronteren, maar wordt aangevallen en knock-out geslagen.
Terug in het Palais Garnier, de nieuwe managers ontvangen een brief van de Phantom waarin ze eisen dat ze Christine de hoofdrol van Marguerite in Faust laten spelen en dat Box 5 leeg blijft voor zijn gebruik, opdat ze niet optreden in een huis met een vloek erop. zijn eisen zijn een grap en negeren ze, wat rampzalige gevolgen heeft, aangezien Carlotta als een pad kwaakt en de kroonluchter plotseling in het publiek valt en een toeschouwer doodt. The Phantom, die Christine uit haar kleedkamer heeft ontvoerd, onthult zichzelf als een misvormde man genaamd Erik.
Erik is van plan haar gevangene een paar dagen bij hem in zijn hol vast te houden. Toch zorgt ze ervoor dat hij zijn plannen verandert wanneer ze hem ontmaskert en, tot grote schrik van beiden, aanschouwt zijn neusloze gezicht met ingevallen ogen, dat er op lijkt een schedel die door de eeuwen heen is opgedroogd. Uit angst dat ze hem zal verlaten, besluit hij haar permanent vast te houden, maar wanneer Christine na twee weken om vrijlating vraagt, gaat hij ermee akkoord op voorwaarde dat ze zijn ring draagt en hem trouw blijft.
Op het dak van het Opera House, Christine vertelt Raoul over haar ontvoering en laat Raoul beloven haar mee te nemen naar een plek waar Erik haar nooit kan vinden, zelfs als ze zich verzet. Raoul vertelt Christine dat hij de volgende dag zijn belofte zal nakomen, waarmee ze akkoord gaat. Christine heeft echter sympathie voor Erik en besluit nog een laatste keer voor hem te zingen als afscheid. Zonder dat Christine en Raoul het weten, heeft Erik naar hen gekeken en hun hele gesprek afgeluisterd.
De volgende nacht ontvoert de woedende en jaloerse Erik Christine tijdens een productie van Faust en probeert hij haar te dwingen met hem te trouwen. Raoul wordt geleid door een mysterieuze operaregulier die alleen bekend staat als ‘The Persian’ in Eriks geheime hol diep in de ingewanden van het Opera House. Toch belanden ze opgesloten in een spiegelkamer door Erik, die dat dreigt, tenzij Christine ermee instemt. met hem trouwen, hij zal hen en iedereen in het Opera House doden door explosieven te gebruiken.
Christine stemt ermee in om met Erik te trouwen. Erik probeert in eerste instantie Raoul en de Pers te verdrinken, met behulp van het water dat zou zijn gebruikt om te doven De explosieven. Toch smeekt Christine en biedt aan om zijn ‘levende bruid’ te zijn, waarbij ze hem belooft zelfmoord te plegen nadat ze zijn bruid is geworden, aangezien ze net een zelfmoordpoging had gedaan. Erik laat uiteindelijk Raoul en de Pers vrij uit zijn martelkamer.
Als Erik alleen is met Christine, tilt hij zijn masker op om haar op haar voorhoofd te kussen en krijgt uiteindelijk een kus terug. Erik onthult dat hij nog nooit iemand heeft gekust, inclusief zijn eigen moeder, die zou weglopen als hij ooit zou weglopen. probeerde haar te kussen. Hij wordt overmand door emoties, hij en Christine dan samen huilen, en hun tranen “vermengen.” Ze houdt ook zijn hand vast en zegt: “Arme, ongelukkige Erik”, wat hem reduceert tot “een hond die klaar is om voor haar te sterven”.
Hij laat de Pers toe en Raoul om te ontsnappen, maar niet voordat Christine beloofde dat ze hem op zijn sterfdag zou bezoeken en de gouden ring die hij haar had gegeven terug zou geven. Hij doet ook de Perzische belofte dat hij daarna naar de krant zal gaan en zijn dood zal melden, aangezien hij spoedig zal sterven “van de liefde”.
Inderdaad, enige tijd later keert Christine terug naar Eriks hol, en begraaft hem op zijn verzoek ergens waar hij nooit zal worden gevonden, en geeft de gouden ring terug. Daarna schrijft een plaatselijke krant het simpele briefje: “Erik is dood.” Christine en Raoul schaken samen weg, om nooit meer terug te keren.
In de epiloog worden stukjes van Erik’s leven samengevoegd, informatie die “de verteller” uit het Perzisch heeft verkregen. Het is gebleken dat Erik de zoon was van een bouwbedrijf eigenaar, misvormd bij de geboorte.Hij vluchtte weg uit zijn geboorteland Normandië om te werken op beurzen en caravans, waarbij hij zichzelf leerde in de kunsten van het circus in Europa en Azië, en uiteindelijk trucpaleizen bouwde in Perzië en Turkije. Uiteindelijk keerde hij terug naar Frankrijk en startte zijn eigen bouwbedrijf. Nadat hij was uitbesteed om aan de fundamenten van het Palais Garnier te werken, had Erik discreet een hol gebouwd om in te verdwijnen, compleet met verborgen passages en andere trucs waarmee hij de managers kon bespioneren.