Complicațiile includ „sindromul de balonare a gazelor”, disfagie (probleme la înghițire), sindromul de dumping, cicatrici excesive, leziuni ale nervului vag și, rareori, acalazie. Fundoplicarea se poate anula și în timp în aproximativ 5-10% din cazuri, ducând la reapariția simptomelor. Dacă simptomele necesită repetarea intervenției chirurgicale, chirurgul poate folosi Marlex sau o altă formă de plasă artificială pentru a întări conexiunea. Sindromul intestinului iritabil postoperator, care durează aproximativ 2 săptămâni, este posibil.
În „sindromul balonării gazoase”, fundoplicarea poate modifica capacitatea mecanică a stomacului de a elimina aerul înghițit prin eructații, ducând la o acumulare de gaze în stomac sau în intestinul subțire. Datele variază, dar un anumit grad de balonare a gazului poate apărea la 41% dintre pacienții cu Nissen, în timp ce apariția este mai mică la pacienții supuși fundoplicării parțiale anterioare. Sindromul de balonare gazoasă este de obicei autolimitat în 2 până la 4 săptămâni, dar în unele poate persista. Gazul ofensator poate proveni și din surse alimentare (în special băuturi carbogazoase) sau din înghițirea involuntară de aer (aerofagie). Dacă sindromul postoperator de balonare a gazelor nu se rezolvă cu timpul, pot fi necesare restricții dietetice, consiliere cu privire la aerofagie și corecție – fie prin dilatarea endoscopică a balonului, fie prin repetarea intervenției chirurgicale pentru a revizui fundoplicarea Nissen într-o fundoplicare parțială.
Vărsăturile sunt uneori imposibile sau, dacă nu, foarte dureroase după o fundoplicare, probabilitatea ca această complicație să scadă de obicei în lunile de după operație. În unele cazuri, scopul acestei operații este de a corecta vărsăturile excesive. Inițial, vărsăturile sunt imposibile; cu toate acestea, cantități mici de vărsături pot fi produse după ce învelișul se instalează în timp și, în cazuri extreme, cum ar fi otrăvirea cu alcool sau otrăvirea alimentară, pacientul poate fi capabil să vomeze liber cu o cantitate de durere.